アメリカ中西部の小さな町に人工衛星が墜落。機体に付着した未知のウイルスが原因で、住人は生まれたばかりの赤ん坊と、アル中の老人を除いて全滅。遺体の血液は全て粉末状に変化していた。細菌汚染の拡大を恐れた軍部は、科学者の中から各分野のスペシャリストを召集。ストーン博士をリーダーとする研究班を組織して、砂漠の地下施設へと送り込むが・・・。
16世紀、ある錬金術師によって作り出された金色の奇妙なスカラベ。永遠の命をもたらす「クロノス」と呼ばれる謎の精密機械だった。時は流れて現代、骨董商ヘススは売り物の天使像の中からクロノスを発見し手に乗せたとたん突然動き、彼の手に食い込むと長い針を刺し液体を注入した。不死を得ようとクロノスを探す病床の大富豪デ・ラ・グァルディアは、甥アンヘルから発見の報せを受ける。孫娘アウロラの不安をよそにクロノスの虜となっていくヘススは次第に若返っていくが、同時に血への渇望も沸き起こっていた。
マサチューセッツ州アーカム、ミスカトニック大学医学部附属病院には、未だ懲りる事無く死体蘇生に勤しむウェスト医師、そして不承不承協力するケイン医師の姿があった。彼は単なる死体蘇生を越え、死体から新たな生命を生み出そうと実験を続けていたのだ。だが、ウェストのぞんざいな計画と行動が、彼らを少しづつ危険に追い詰めていく……。前作がＨ・Ｐ・ラヴクラフトの『死体蘇生者ハーバート・ウェスト』にまずまず基づいたと言える内容だったのに対し、「２」は完全にオリジナルのエピソードである。
伝説の怪物に目の前で息子をさらわれた農夫は、復讐を心に誓う。その翌日、高校のバスケットボール・チームとチアリーダーを乗せたバスが、パンクによって田舎町で立ち往生。そこへ怪物が現れ、一人また一人と殺されていく。
それを手にした者には未知のパワーが宿るといわれる伝説のメダルを持つ少年が、密輸犯罪組織のボス、スネークヘッドに誘拐される。香港警察の刑事エディは少年救出のためにアイルランドに赴く。
過去と現在を行き来する特殊能力を持っているサム（クリス・カーマック）は、過去に戻って殺人現場を目撃して警察の捜査に協力する私立探偵をしていた。ある日、サムの昔の恋人レベッカ（ミア・セラフィノ）の姉リズ（サラ・ハーベル）が現われて、10年前にレベッカを殺した真犯人を捕まえてほしいとサムに懇願するが……。