西暦2029年。他人の電脳をゴーストハックして人形のように操る国際手配中の凄腕ハッカー、通称「人形使い」が入国したとの情報を受け、公安9課は捜査を開始するが、人形使い本人の正体はつかむことが出来ない。 そんな中、政府御用達である義体メーカー「メガテク・ボディ社」の製造ラインが突如稼動し、女性型の義体を一体作りだした。義体はひとりでに動き出して逃走するが、交通事故に遭い公安9課に運び込まれる。調べてみると、生身の脳が入っていないはずの義体の補助電脳にはゴーストのようなものが宿っていた。

映画「イノセンス」の舞台は、人々が電脳化され、声を出さずとも、コンピューター端末を打たなくとも、ネットワークを通じたデジタルコミュニケーションが可能になる一方、肉体の機械化も進み、人とサイボーグ、ロボットが共存する、2032年の世界。魂が希薄になった時代。決してそう遠くない近未来を舞台に物語の幕が開く。 主人公は、続発するテロ犯罪を取り締まる政府直属の機関・公安9課の刑事バトー。バトーは生きた人形（サイボーグ）である。腕も脚も、その身体のすべてが造り物。残されているのはわずかな脳と、一人の女性、素子（もとこ）の記憶だけ。 ある日、少女型のロボットが暴走を起こし、所有者を惨殺する事件が発生。「人間のために作られたはずのロボットがなぜ、人間を襲ったのか」。さっそくバトーは、相棒のトグサと共に捜査に向かう。電脳ネットワークを駆使して、自分の「脳」を攻撃する“謎のハッカー”の妨害に苦しみながら、バトーは事件の真相に近づいていく。

2009年、地球は異星人ゼントラーディとの交戦状態に陥った。避難民5万8000人を乗せ、それ自体が宇宙都市ともいえる巨大宇宙戦艦マクロスは、太陽系外縁から地球へ帰還すべく旅を続けていた。そんなある日、艦内に敵が侵入、若き戦闘機パイロット一条輝は、襲われていた民間人の女性を危機一髪のところで救出する。なんと彼女は、人気歌手のリン・ミンメイだった。この救出劇を機に、2人は親しくなっていく。

天才科学者で富豪のエイドリアン(オリヴァー・ジャクソン=コーエン)の恋人セシリア(エリザベス・モス)は、彼に支配される毎日を送っていた。ある日、一緒に暮らす豪邸から逃げ出し、幼なじみのジェームズ(オルディス・ホッジ)の家に身を隠す。やがてエイドリアンの兄で財産を管理するトム(マイケル・ドーマン)から、彼がセシリアの逃亡にショックを受けて自殺したと告げられるが、彼女はそれを信じられなかった。

2022年、今から約50年後のニューヨークには人口が膨大したことによって食糧難が起こっていた。人々は1週間に1度、政府が配給する「ソイレント・グリーン」と呼ばれるウェーフェース状の食料で命を継いでいたが・・・。

各国の軍事衛星をオリュンポスの管理下に置く事を議題とした国際会議の開催を控え、デュナン達ESWATはテロリストの鎮圧に従事していたが任務中に彼女を庇ったブリアレオスが負傷した。傷心のデュナンの前に、新たなパートナーとしてブリアレオスの遺伝子から創られた生身の彼と同じ顔の戦闘用バイオロイド・テレウスが現れる。やがて国際会議の開催中に、ウェアラブル・インターフェイスの着用者が突然正気を失い破壊活動を行う事件が頻発する。しかしそれは、さらなる大規模なサイバーテロの予兆に過ぎなかった。

タクシードライバー、ジャックの車に少年と少女が乗り込んでくる。彼はどこか微妙にズレた言動の二人をいぶかるが、いつものように車を発進させる。ところが、突然どこからか数台の武装したSUV車が現れ、彼らの後を追跡し始める。

平和な惑星であるアキーアが、残忍なサドルの宇宙軍に征服される。シャドという若者が宇宙船で逃れ、アキーア開放のために勇敢な戦士を探し、戦いに挑む。

連続殺人事件の捜査中に公私共にパートナーであった妻を殺害され、休職していた刑事のダビットは、若い女性の変死体が発見されたことがきっかけで現場に戻ることになる。犯人の手がかりを得るために遺体の網膜スキャン試みるが、彼女の眼からは何故か記憶が消去されていた。

最終戦争の結果、文明が崩壊した世界。人々が暮らす“オアシス”ではウォーロード（司令官）が率いる暴力集団“レイダース（侵略者）”が恐れられるが、“オアシス”の女王（クイーン）は難病に苦しみ、その息子プリンス（王子）は“命の寺”とされる伝説の町パラダイス・ビーチに難病の治療薬を求めて旅立つ。一方、ウォーロードは人間の美女にそっくりだが高い戦闘能力を持つアンドロイド、アッシュを手に入れてかわいがる。