En Daniel i el senyor Miyagi viatgen a Okinawa, a la petita vila en la qual l'ancià va néixer i de la qual va haver de marxar per un assumpte d'honor. El seu pare està greument malalt i vol veure'l, però també li espera el seu antic amor de joventut. L'arribada del senyor Miyagi reobre unes ferides que el temps i la distància semblaven haver esborrat.

Al Japó, al segle XVII. Quatre samurais persegueixen el príncep Kenshin que s'ha amotinat contra el seu pare. Detingut i empresonat, Kenshin agafa un ceptre. Dels nostres dies, a Nova York, la periodista April O'Neil, ha vingut a oferir als seus amics Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo i Splinter el mateix ceptre que ha trobat en un antiquari. Mentre que en llegeix la inscripció, desapareix i Kenshin apareix en el seu lloc. Les quatre tortugues Ninja tornen al segle XVII per lliurar April i ajudar la princesa Mitsu a resistir a la invasió de les tropes del rei Norinaga. Seran ajudats per un jove pirata Whit Whitley, l'avantpassat de Casey Jones…