高名な精神科医のマルコムは、かつて担当していた患者の凶弾に倒れてしまう。リハビリを果たした彼は、複雑な症状を抱えた少年･コールの治療に取り掛かる事に。コールは常人には無い特殊な“第6感”、死者を見る事ができる能力を持っていた｡コールを治療しながら、彼によって自らの心も癒されていくマルコム。そして彼には予想も付かない真実が待ち受けていた･･･｡

離婚調停中であり、娘の郁子の親権を夫邦夫と争っている淑美は生活を立て直そうと、郁子と一緒に新しいマンションに引っ越す。しかし、そこは雨漏りが酷い、水道水が不味い、上階の子供の足音がよく響くなど不具合が多く、また彼女は何か不穏なものを感じていた。 ある日、淑美は屋上で、赤い子供用バッグ（mimikoバッグ）を見つけ、それがきっかけで郁子と同じ幼稚園に通っていた少女・河合美津子が2年前から行方不明になっているのを知る。美津子は父と共に、淑美たちの真上の部屋に住んでいて、行方不明になったときには似たバッグをかけていた。 バッグは落とし物としてマンション管理人に届け、捨てられたことを確認するが、後日また屋上で同じものが見つかった。娘の郁子はバッグが気になるようで、また、見えない女の子と会話する奇行が見られるようになった。淑美は、美津子の霊が郁子を連れ去ろうとしているのではないかと恐慌に陥り、一度はマンションを出る決意する。

何一つ不自由のない暮らしで、奨学金も給付され大学に進学。その後も安定した生活を送っていた19歳のエミリー・ローズはある日の晩、大学寮で眠っていたところ奇妙な現象に襲われる。真夜中の午前3時、焦げ臭い匂いで目を覚ました彼女は突如として何かに押さえつけられるようにしてもがき苦しみだしたのだ。 その後、彼女には幻覚、幻聴が起こるようになる。そして遂には発狂してしまう。医学的治療を行なっても治る兆しを一向に見せない彼女は、それらを悪魔の仕業だと確信。地元の地区神父であるムーア神父に助けを求める。神父も事態を重く見て彼女を救うべく、祈りによって悪魔との対決を試みた。しかし結果は失敗。エミリーは死亡してしまう。 悪魔の存在は信じられることなく、エミリーの死亡はムーア神父によるものと疑いをかけられてしまい、神父は裁判で裁かれることになる。弁護士のエリンはそんなムーア神父を救うべく奔走する。

第二次世界大戦最中の1940年、アメリカ軍潜水艦タイガー・シャークは大西洋海域を航海中、ドイツ軍潜水艦Uボートに撃沈されたイギリス病院船の生存者3名を救助する。そのうちの一人は看護婦のクレアという女性だった。この時代、“女性は潜水艦に不吉な災いをもたらす”と信じられていたことから、艦内に戦慄が走る。やがて、敵艦をやり過ごすため静まりかえっていた艦内で突如レコードが鳴り響いたり、不気味な囁き声が聞こえるなどの不可解な現象が起こり始めた。更にドイツ軍からの攻撃も激しさを増していき、乗組員は精神的にも追い詰められていく。

強盗に殺された父の死に責任を感じ、立ち直れずにいた青年トビー。彼は無人島で3泊を過ごす更生プログラムに参加する。それはサバイバルを通じて自分を見つめ直し、生きる意志を取り戻すというものだったが、程なく、彼は無人のはずの島でひとりの少女と遭遇する。その少女マデリンは、母親によって半ば閉じ込められるようにこの島に住まわされているらしい。トビーは迎えが来次第彼女を連れて島を出ようとする。