És el món el que sembla? Thomas Anderson, programador d'una important empresa de software i hacker informàtic amb el sobrenom de Neo, descobrirà que no. Contactarà amb ell un estrany grup encapçalat per Morfeu, qui el mostrarà la veritable realitat que s'amaga darrere l'aparença: un món dominat per les màquines, les quals esclavitzen la humanitat per a utilitzar els nostres cossos com a simple font d'energia. Però, i la nostra ment, on es troba aleshores? La resposta es troba dins Matrix.

El 16 de juliol del 1988 una explosió enorme destrueix Tòquio i origina la Tercera Guerra Mundial. El 2019, 31 anys després de l'explosió, la ciutat ha estat reconstruïda i rebatejada amb el nom de Neo-Tòquio. A Neo-Tòquio, en Shotarō Kaneda és el cap dels "Càpsules", una banda de motoristes (bōsōzoku) que es baralla amb una banda rival anomenada els "Clowns" (Pallassos). Durant una d'aquestes baralles en Tetsuo Shima, el millor amic d'en Kaneda, té un accident i queda ferit quan es creua amb en Takashi, un "esper", un individu amb poders de percepció extrasensorial i amb aspecte de patir de progèria.

Deckard era un Blade Runner; un policia encarregat d'encalçar i eliminar replicants, androides creats artificialment. Els seus serveis són requerits quan quatre replicants sobrepassen les barreres d'immigració i arriben a la Terra.

Una noia, Sarah Connor, reb la visita d'un ciborg del futur que te la missió de matar-la. Per tal d'ajudar-la, un home també és enviat des del futur.

Cada 5000 anys s'obre una porta entre les dimensions. En una dimensió existeix l'Univers i la vida. En l'altra dimensió hi ha un element que no està fet ni de terra, ni de foc, ni d'aire, ni d'aigua, sinó que és una antienergia, l'antivida: és el cinquè element.

Primer fou la foscor. Després vingueren els forasters... Un home lluita amb la seva dubtosa memòria, incloent una esposa que no recorda, en un món de nit eterna, sense sol...

Thomas "Neo" Anderson va prendre una costosa decisió quan va decidir fer la pregunta que Morfeu i Trinity havien formulat abans que ell. Cercar i acceptar la veritat. Alliberar la seva ment de Matrix. Ara, Neo adquireix un major domini dels seus extraordinaris poders mentre Sió cau assetjada per l'Exèrcit de les Màquines. Només una qüestió d'hores separa a l'últim enclavament humà a la Terra de 250.000 Sentinelles programats per destruir a la humanitat. Però els ciutadans de Sió, animats per la convicció de Morfeu que l'Elegit farà realitat la Profecia de l'Oracle i posarà fi a la guerra amb les Màquines, posen totes les seves esperances i expectatives en Neo, que es troba bloquejat per visions inquietants mentre cerca quines mesures prendre.

Queden vint hores per a la irrupció de les màquines a Sió, el darrer bastió dels humans lliures. Mentre el cos de Neo roman en coma, la seva consciència es troba a terra de ningú, en un lloc entre el món humà i el de les màquines.

L'any 2018, el món està superpoblat i els recursos naturals s'han esgotat pràcticament. El capità John Brennick i la seva dona Karen intenten fugir del país. Ella està embarassada per segon cop, cosa que suposa vulnerar una estricta llei que prohibeix tenir més d'un fill.

El Dr. Lawrence Angelo treballa en tractaments per a la millora de la capacitat cognitiva en animals. Els resultats que obté de l'ús de ximpanzés mostren un augment de la intel·ligència, alhora que desenvolupen l'agressivitat i la paranoia. Malgrat que el Dr. Angelo cerca fins altruistes, la investigació és finançada amb objectius militars. El Dr. Angelo decideix d'emprar els coneixements assolits, per incrementar la intel·ligència de Jobe Smith, el seu jardiner, que pateix una discapacitat intel·lectual.