Het jaar is 2030 en zes jaar zijn verstreken sinds een crimineel die alleen bekend staat als 'The Laughing Man' de top van de medische nanotechnologiebedrijven binnendrong en daden van cyberterrorisme, ontvoering en spionage pleegde, waardoor er geen bekende verdachten achterbleven. Nieuwe informatie wordt onthuld nu Section 9 op jacht gaat naar een verdachte die in staat is tot ondoorgrondelijke acties in deze compilatie van Stand Alone Complex-content.
Het is 2034, twee jaar nadat Motoko Kusanagi Section 9 heeft verlaten. Togusa is de nieuwe leider van een nu aanzienlijk groter team. Sectie 9 wordt geconfronteerd met een serie van ingewikkelde incidenten waar een hacker genaamd "Puppet Master" voor verantwoordelijk blijkt te zijn.
Batou is een levende cyborg wiens lichaam volledig door mensen werd gemaakt. Het enige 'menselijke' aan hem is zijn brein, waarin de herinneringen sluimeren van een vorig leven.
Officier Deunan Knute en zijn cyborg-partner Briaros Hecatonchires krijgen de opdracht om de Olympus City Computer te beschermen tegen een terroristische aanval. Bij een eventuele aanslag op de computer zou namelijk de hele stad platgelegd kunnen worden en zou er massale chaos kunnen ontstaan.
In 2067 begint de mensheid in te zien dat de voortschrijdende ontwikkeling van robot-technologie grote negatieve gevolgen heeft voor de humanitaire kant van de mens. De VN neemt hierop een resolutie aan die de verdere ontwikkeling van deze zogenaamde cybertechnologie verbiedt. Japan, onder druk van het enorme bedrijf Daiwa Heavy Industries, marktleider in deze sector, wijst de resolutie af, trekt zich terug uit de VN en schermt zich af met een elektronisch schild. Het raakt hierdoor compleet afgezonderd van de wereld. Vexille is een jonge, vrouwelijke Special Agent van een eenheid in L.A. die cybertechnologie-criminaliteit onderzoekt. Ze komt in aanraking met een hoge baas van Daiwa en het blijkt dat hij gedeeltelijk robot is, zijn vlees is vervangen door bio-metaal. De wereld raakt ervan overtuigd dat er foute zaken gaande zijn in Japan...
Kyoto, 1865, het einde van het Edo-tijdperk. De jonge samoerai Kano Sozaburo wordt aangenomen als lid van de Shinsengumi, een boeddhistische zwaardvechterclan die de strikte waarden van het feodale Japan wil handhaven. De betoverend mooie, Kano blijkt een uitmuntend zwaardvechter, die de hoofden van de in een geïsoleerde mannengemeenschap levende samoerai op hol brengt.
Vijf jaar na de OAV series, leven Third serie robot Naomi Armitage en haar man Ross Sylibus nu vreedzaam op Mars met hun dochter, tot een een groepering het geheim wil achterhalen van de Third mogelijkheden om kinderen te baren.
Het schoolmeisje Ami besluit om wraak te nemen op een bende vechtersbazen die verantwoordelijk is voor de dood van haar broertje. Ze wordt echter gevangen genomen door de gangsters die haar martelen en haar arm afhakken. Met behulp van een handige automonteur vervangt ze haar afgehakte arm door een machinegeweer en gaat ze achter de misdadigers aan.
Hiroshi is een briljante geneticaspecialist. De man is in zijn eentje miljarden dollars waard, en zijn kennis wordt fel begeerd door alle topbedrijven. Dat is dan ook de reden waarom drie kopstukken uit de wereld van bedrijfsspionage jacht maken op de Japanner. Hij blijkt moeilijk te benaderen, maar ze weten dat hij valt voor brunettes. Als medewerker van Maas Corporation wordt hij wereldwijd beschermd door agenten die grof geld niet uit de weg gaan.
Een vrouwelijke terrorist uit het Midden-Oosten wordt in Griekenland door de CIA gevangengenomen na een aanval op een marktplaats. De terrorist wordt teruggevoerd naar de VS en ondergaat een operatie waarbij ze wordt getransformeerd in een cybernetische moordmachine. Nu heeft de CIA een geheim wapen om terug te sturen naar het Midden-Oosten, maar hoe lang kunnen ze het onder controle houden?