舞台は、関東のとある港町―。孤独な生活を送る高校生・丹童子アルマの前に、執事とメイドを引き連れた「藍羽財団」CEOを名乗る少女、藍羽ルリが現れる。強力な力を持つ石の魔物「悪石」に立ち向かえるのは、アルマが持つ「セイクリッドセブン」の力のみ。 アルマ一人では制御できなかったセイクリッドセブンの力を、ルリは自身が持つ力で解放させ、アルマの真の姿「セイクリッドアルマ・リベレイター」を発現させる！お互いの意思を交わしたアルマとルリは、次々と巻き起こる事件の中で巨大な陰謀に巻き込まれていく…。そんな中、突如二人の前に現れた謎の男。それは、もう一人のセイクリッドテイカー・輝島ナイトであった！

新宿の裏通り界隈を根城にするホームレスの中年男性ギン、オカマのハナ、家出娘のミユキはクリスマス・イヴの夜、ゴミ置き場に捨てられた赤ん坊を発見。ギンは赤ん坊を警察に届けようとするが、子どもを育てることが夢だったハナは赤ん坊を勝手に《清子》と命名し、自分たちで親探しをしようと決める。だが、手がかりになりそうなものは赤ん坊と一緒にあったわずかな写真と名刺だけ。翌日、3人は写真の場所を探して歩き回る。

飛行艇を操る空賊が横行していた、第一次大戦後のイタリアはアドリア海。賞金稼ぎの飛行艇乗りであるポルコ・ロッソは、空賊たちには天敵の存在。自分の顔を魔法で豚に変えてしまったポルコを何とかやっつけたいと一計を案じた空賊たちは、アメリカからスゴ腕の飛行艇乗りを呼び寄せ、彼に一騎打ちを迫る。

「劇場版でも異世界だ！」 教室に突如現れたワームホールによって、 異世界転移をさせられた２くみの面々。 彼らがたどり着いた地は暴走した ゴーレムが支配する荒れ果てた世界であった。 そこで出会ったのは、 めぐみんと似た雰囲気を持つ少女型ゴーレム、 スバルを知る（？）杖をついた男性、 そしてターニャと同じ軍服を着た女性。 様々な運命が複雑に絡み合いつつも 元の世界に戻ろうとするアインズ、カズマ、 スバル、ターニャ、尚文達は、 無事にアッセンブルすることができるのか！？

2022年。天才プログラマー・茅場晶彦が開発した世界初のフルダイブ専用デバイス《ナーヴギア》。その革新的マシンはVR（仮想現実）世界に無限の可能性をもたらした。それから4年、《ナーヴギア》の後継VRマシン《アミュスフィア》に対抗するように、一つの次世代ウェアラブル・マルチデバイス《オーグマー》が発売された。フルダイブ機能を排除した代わりに、AR（拡張現実）機能を最大限に広げた《オーグマー》は覚醒状態で使用することが出来る安全性と利便性から瞬く間にユーザーへ広がっていった。その爆発的な広がりを牽引したのは、「オーディナル・スケール（OS）」と呼ばれる《オーグマー》専用ARMMO RPGだった。

5つのストーリーをオムニバス形式で構成。突然妖怪になってしまったケータ、8年後の世界にタイムスリップし妖怪になる前の飼い主エミちゃんに会ったジバニャン、弟ができたと母ちゃんに告げられるコマさん、 思い出とともにサンタ当番をこなすUSAピョン。それぞれの物語に隠されたメッセージとは何なのか。全く別の物語が最後の5つ目の物語の地「妖怪ワールド」で明らかになる。

ある夏の日、5年前に事故で死んでしまったはずの“めんま”こと芽衣子が現れる。かつて、仲良しグループ“超平和バスターズ”を結成していた6人組。芽衣子のほかの5人は、高校生になっていた。事故の日以来、離れ離れになっていった彼らだったが、芽衣子が彼らの前に現われた理由を探すために再び集まる。

宝町で暮らす親を知らない少年クロとシロ。町で“ネコ”と呼ばれるふたりは、かつあげやかっぱらいで暮らしていた。その町で“子供の城”の建設話が持ち上がる。しかし、それは古めかしい宝町を近代化して支配しようとするヤクザの仕業。昔気質のヤクザのネズミは反対するが、彼のボスは謎の男“蛇”にこの計画を一任していた。残酷な蛇はクロとシロを邪魔者だと判断し、刺客をおくる。ケンカでは誰にも負けない凶暴なクロだったが、刺客の前では手も足も出ない。そして追いつめられたシロは刺されてしまう…。

舞台は人々の欲望が渦巻く街――東京。 悪い大人たちを改心させているという「心の怪盗団」の存在が人々の間で噂されるなか、世間では物騒な事件が立て続けに発生していた。 そんなある日、「怪盗お願いチャンネル」に届いた1通の依頼をきっかけに、異世界の舞台に4人の高校生と1匹の黒猫が動き出す――。 原作ゲームともリンクする、完全オリジナルストーリー。

ある日、ハーバードヴィル空港へ降り立ったクレアは、利用客達の中に1人のゾンビを発見した。そのゾンビに噛まれ次々と感染者が増大し空港は大パニックとなる。一方、空港へ向かって飛行中の旅客機内でも感染者が発生し、緊急着陸を試みるも失敗して空港ロビーへ激突してしまう。まもなく、壊れた機体からは乗員や乗客が次々と姿を現すが、彼らは皆ゾンビ化していた。この事態によってクレアは、居合わせたデイビスや知人の姪のラーニー達と共に、空港の一室へ立てこもることとなる。

世界大戦後の廃墟で生き延びていた女性兵士デュナンは、人類への奉仕者として肉体・感情を制御されたクローン人間バイオロイドの管理する理想都市オリュンポスに連行され、そこで全身サイボーグ化していた恋人ブリアレオスと再会する。彼の所属する元老院ESWATの一員となったデュナンは、やがてバイオロイドの開発とオリュンポス計画に自分の両親が関わっていた事実を知り、自身もバイオロイドの軛を解き放つ鍵「アップルシード」をめぐる陰謀に巻き込まれていく。

美しい高原の街「グリーンフィールド」に住む少女ミーはアンノーンの研究をしている父親のシュリーと共に暮らしていた。ある日、遺跡の調査をしていたシュリーがアンノーンの空間に閉じ込められてしまい、行方不明となった。父親が残した奇妙なカードをミーが並び替えた時、「アンノーン」達が出現し、彼女の感情を感じ取り、エンテイを生み出した。声や雰囲気から父親がエンテイになって帰ってきたと思い、ミーは喜んだ。 一方、サトシたちも旅の途中でトレーナーのリンとのポケモンバトルを繰り広げ、ジョウト地方で女性が行きたい場所No.1の「グリーンフィールド」を訪れていた。突如グリーンフィールドがクリスタルで囲まれたことに困惑するサトシ達。シェリーや娘のミーが気掛かりになったオーキド博士とハナコも現場に向かい、サトシと再会した。その様子を見ていたミーは自分もママが欲しいとエンテイに願うと彼女の願いを叶えるため、ハナコを連れ去ってしまう。グリーンフィールドの結晶化が進む中、ミーはサトシ達に両親が帰ってきたから来ないようにメールが来る。それに疑問に思う一同であったがサトシはハナコを救うため、カスミやピカチュウ達と共にグリーンフィールドの中心に出来た結晶塔へ向かう。