大学教授トレバーは、夏休みに甥のショーンを預かることになった。10年前に姿を消した兄マックスの息子ショーンは、父の形見の小説「地底旅行」を愛読していた。あるとき、トレバーはその本の中に、同じ地質学者だったマックスのメモが残されていることに気づく。マックスは何かを見つけていたのだ。メモを解読したトレバーとショーンは山岳ガイドのハンナを雇い、地球の中心への入口があると記されたアイスランドの山へと向かう。