1999年、地球に衝突した巨大隕石は海の大半を蒸発させ、同時に地球外生命体・ワームが隕石から出現、瞬く間に広範囲を支配した。人類は対ワーム組織・ZECTを設立。マスクドライダーシステムを開発し、戦場に投入した。 それから7年後の2006年。深刻な水不足に陥った地上でワームとライダーの戦いが続く中、ZECTに反旗を翻す一部メンバーが新組織・NEO ZECTを結成。ZECTはNEO ZECTの粛清に乗り出す。ZECTのライダー大和鉄騎＝ケタロス、矢車想＝ザビー率いる部隊に追いつめられるNEO ZECTの織田秀成＝ヘラクス、風間大介＝ドレイク、北斗修羅。そこへ天道総司＝カブトが乱入し、戦況は新たなる段階を迎える。 折しもZECTでは、巨大彗星が地球に接近する情報を掴んでいた。この彗星を引き寄せれば、地球に莫大な水を獲得でき、ZECTは益々権力を強めることができるのだ。ZECTは「天空の梯子」と呼ばれる軌道エレベータを用いて、「天空の梯子計画」を発令。天道よりこの情報を得たNEO ZECTも、ZECTの支配力増加を抑えるべく、計画の乗っ取りを画策する。

たった60分で文明を荒廃させた最終戦争後の世界。残された人類は空や海、そして地を這う車輪の上に移動型の都市で創り出し、他の小さな都市を"捕食"することで資源や労働力を奪い生活している。"都市が都市を喰う"、弱肉強食の世界へと姿を変えたこの地上は、巨大移動都市"ロンドン"によって支配されようとしていた。他の都市を次々に飲み込み成長を続けるロンドンを前に、小さな都市と人々が逃げるようにして絶望的な日々を送る中、一人の少女が反撃へと動き出す。

ヴァンパイアとの戦いで荒廃した未来、人類は高い壁に囲まれた城塞都市で修道会の支配のもとで暮らす。ある日、修道会の戦士《プリースト》の一員である男のもとに、兄の家族がヴァンパイアに襲われ、幼いめいがさらわれたとの知らせが届く。プリーストは、安全なはずの都市に再びヴァンパイアの脅威が訪れたことを訴えるが、修道会は聞く耳を持たない。プリーストはめいを救うため、やむなく掟を破って都市の外へと旅立つ。

舞台は最終戦争後の、暴力と疫病が支配するアメリカ。戦士ギブソン（ジャン＝クロード・ヴァン・ダム）は、疫病の治療法を記憶させたチップを埋め込んだ女サイボーグ、パール（デイル・ハドン）の護衛を頼まれることに。しかし彼女は、世界支配をもくろむフェンダー一味にさらわれてしまう。そしてフェンダーこそは、ギブソンの恋人を虐殺した憎き敵でもあった…。