Ketika sahabatnya Gary tiba-tiba diculik, SpongeBob membawa Patrick dalam sebuah misi yang gila jauh di luar Bikini Bottom untuk menyelamatkan teman bercangkang merah muda mereka.

Dengan datangnya zaman es, tiga makhluk prasejarah yang tidak serasi – Manny si mamut berbulu, Diego si harimau bertaring tajam, dan Sid si kungkang raksasa – menemukan bayi yatim piatu dan memutuskan untuk mengembalikannya kepada orang tua manusianya. Sepanjang perjalanan, sekutu yang tidak diduga itu menjadi teman, tetapi, ketika musuh menyerang, pencarian mereka menjadi jauh lebih mulia.