Tercera i última entrega de les aventures de l'agent Jason Bourne, que continua investigant qui és i què hi ha realment al darrere d'un programa secret de la CIA. Un periodista britànic del 'Guardian' li ofereix una nova pista a través d'un home anomenat Blackbriar. Bourne el troba a Londres i mirarà d'encaixar les últimes peces del seu passat, que tant li costa de recuperar.

El passat de Jason Bourne torna per ell. A la segona entrega de la saga de tres pel·lícules basades en la vida de Jason Bourne, un exagent de la CIA que perd la memòria i mentre lluita per recuperar-la i aconseguir saber qui és en realitat, es veu involucrat en una xarxa d'espionatge i manipulació de governs per part dels Estats Units on serà perseguit per assassins professionals, mercenaris paramilitars, i excompanys de la CIA. La pel·lícula comença a Goa, Índia, on Jason i Marie se n'han anat a viure per amagar-se de Treadstone, però allà un antic agent de la companyia els localitza i persegueix. Jason Bourne comença la seva aventura per descobrir el seu passat recordant-ne part, i perseguint l'agent, que a més s'està fent passar per ell.

El 21 d'octubre de 1994, Heather Donahue, Joshua Leonard i Michael Williams van endinsar-se en un bosc de Maryland per rodar un documental sobre una llegenda local, "La bruixa de Blair". No es va tornar a saber res d'ells. Un any després, va ser trobada la càmera amb la qual van rodar: mostrava els terrorífics fets que van donar lloc a la seva desaparició.