Reynolds Woodcock, seorang perancang busana, memiliki kehidupan yang tertata rapi. Namun semuanya berubah drastis saat ia menyukai Alma, seorang pelayan yang menjadi inspirasi dan kekasihnya.

Alex, Marty, dan hewan kebun binatang lainnya menemukan cara untuk melarikan diri dari Madagaskar ketika para penguin merakit ulang sebuah pesawat yang hancur. Rakitan tersebut dapat mengudara sesuai dengan jarak ke benua Afrika. Di Afrika, mereka menemukan anggota lain dari spesies mereka. Afrika terbukti merupakan tempat yang liar, tapi Alex dan lainnya ingin tahu apakah Afrika lebih baik dari rumah mereka di Central Park.

Bruce Banner, seorang peneliti genetika dengan masa lalu yang tragis, menderita paparan radiasi besar di laboratoriumnya yang menyebabkan dia berubah menjadi monster hijau yang mengamuk saat dia marah.