第1次大戦がはじまってまもない、ドイツのある町。群衆の歓声に送られて、戦場へ向かう大部隊が進軍してゆく。学校の教室では、老教師が生徒に愛国心を説いていた。情熱に駆り立てられた若者たちは、ただちに出征を志願するが、前線は飢えと死の恐怖だけの毎日だった。

1988年、アメリカ・マサチューセッツ州ミドルセックス。ある晩、高校生ドニー・ダーコの前に銀色のウサギが現われる。ドニーはウサギに導かれるようにフラフラと家を出ていく。そして、ウサギから世界の終わりを告げられた。あと28日6時間42分12秒。翌朝、ドニーはゴルフ場で目を覚ます。腕には「28.06.42.12」の文字。帰宅してみるとそこには、ジェット機のエンジンが落下していてドニーの部屋を直撃していた。何がなんだか分からないながら九死に一生を得たドニー。その日から彼の周囲では、不可解な出来事が次々と起こり始めた。

スカイネットを破壊、予見されていた最終戦争の日も過ぎたが、ジョンの心には母親から刷り込まれた戦争の話が無くなったとは思えず不安な毎日を過ごしていた。そんな中、未来より新たなターミネーターがジョンの仲間となる兵士達の抹殺のために送られてくる。新型ターミネーターT-Xは、ジョンを発見したことで、ジョン自身の殺害プログラムを優先し彼を追うが、たまたまいっしょにいた女性と共に別のターミネーターT-850に救われる。T-850は未来のジョンの妻ケイトによりリプログラムされ送られたのだった。ジョンとケイトは最終戦争開始の日である審判の日は回避することはできず、スカイネット自体も破壊を免れており起動を待ち軍事基地に現存している事を知らされる。スカイネット起動時間が迫るなか、ジョンとケイトは起動を阻止すべくT-850の指示のもと、アメリカ軍基地へ向かうが・・