自分を暗殺者に仕立てあげたCIAの極秘プロジェクト、“トレッドストーン計画”などに関する取材を進めていた新聞記者ロスとロンドンで接触しようとしたボーン。しかし、CIAの現地要員に監視されていたロスは、若い暗殺者に狙撃されてしまう。

前作から2年。CIAのパメラ・ランディは、ベルリンである事件の調査を行っていたが、何者かの襲撃を受け、調査チームの一人が死亡。時を同じくして、ボーンたちにも危険が迫る。人目を避けてインドのゴアで暮らしていたジェイソン・ボーンと恋人のマリーに刺客が迫り、マリーは殺されてしまう。ボーンはCIAが自分を始末しようとしていると推測してCIAを追い、CIAのパメラは現場に残されたボーンの指紋から襲撃犯はボーンだと考えボーンを追う。そしてベルリンとモスクワを舞台に、次第に「トレッドストーン計画」に隠された真実が明らかになっていく。

ロサンゼルス市警察本部捜査第一課のリッグス部長刑事とマータフ部長刑事はFBIの要請で、麻薬事件の重要証人である会計士のレオ・ゲッツを保護する。ヒットマンの襲撃から守り通したことで、ゲッツと打ち解けたリッグスとマータフは麻薬組織のボスの情報を聞き出し、同僚の刑事たちとボスの邸宅へ踏み込む。だが、そのボスの正体はラッドという南アフリカ総領事で治外法権のため逮捕も拘留もできない。ラッドは、警察の捜査を止めさせるために、手下にマータフの自宅を襲撃させるなどの脅迫を始めた。それでも捜査をやめないリッグスとマータフに業を煮やしたラッドは、2人の同僚である刑事達を次々と暗殺していく。

人里を離れて生活をしていたファイアフライ一家は、武装警官たちに襲撃され、銃撃の中で目を覚ます。ママは捕獲され、オーティスとその妹のベイビーだけは脱出に成功し、モーテルに身を潜めた。お尋ね者となった兄妹はそこでも惨たらしい殺人を犯し…。

ロサンゼルス市警のリッグスとマータフは、あるビルの駐車場に仕掛けられた爆弾を爆弾処理班を待たず解体しようとしてビルを完全に爆破してしまう。巡査に降格された二人はパトロール中に輸送員に変装した強盗に遭遇しビリーというチンピラを逮捕するが取調室でビリーは何者かに殺されてしまう。ある日、若者の麻薬の取引現場を発見したリッグスは逮捕しようと試みるが銃撃戦となりマータフが犯人を射殺したが、それは息子の友人であった。未成年の銃事件とビリーを調べるうちにある人物が浮上する。

警官相手に戦い服役中だったランボーは、元上官トラウトマンから特殊任務に就くことを条件に釈放された。特殊任務とは、ベトナム戦争で行方不明になったアメリカ人兵士と捕虜の動向を調査すること。戦闘は一切不要で、情報収集だけの任務だった。ところが捕虜収容所で米兵の拷問を目撃したランボーは、指令に背いて米兵を救出。その後、彼らは国境近くまで逃げ延びるが、米軍のヘリコプターはふたりを見殺しにして去ってしまう。

国民の憎悪を発散させ、それによって治安を維持しようと、アメリカ政府は1年に1晩だけ殺人などの全犯罪を認める日、パージを制定する。その日を迎え、家路を急ぐものの車がパンクしたために街をさまよう夫婦。何者かに襲われ、拉致されそうになる母娘。武装した男に救われた彼らは、協力し合いながら無法地帯となった街からの脱出を試みる。次々と襲い掛かってくる殺人者たちを倒していく。

ロサンゼルス市警の刑事リッグスとマータフは、次々と街を破壊する完全武装した男が出現したため現場へ急行しリッグスの大立ち回りで解決する。事件から9か月後、2人は探偵となったレオと釣りに出かけ、不審な大型船と遭遇し船に乗り込むと船員との格闘となり船は座礁するが中国の密航船である事が判明する。密入国者が次々と連行されていく中、マータフは避難用ボートの中に隠れていたホン一家を発見。同情したマータフは違法と知りながら彼らを自分の家にかくまう。そんな時、ロス市警は2人の「壊し屋」のせいで保険を打ち切られたため、マーフィー警部は苦肉の策として2人を警部に昇進させ、デスクでおとなしくさせようとする。

ビバリーヒルズの高級宝石店が武装した一味に襲われ、一味のひとりに市警のボゴミル刑事部長が撃たれて重傷を負う。ボゴミルの部下のローズウッド刑事はかつてともにギャングと戦ったデトロイト市警のアクセルに捜査協力を依頼。デトロイトからビバリーヒルズに駆けつけたアクセルは、ある射撃クラブを怪しいとにらむが予想は的中。クラブで働く美女カーラたちが犯人グループだった。一味は新たに競馬場の集金所を襲おうとする。

治安がさらに悪化している近未来のデトロイト。ロボコップは町に氾濫する新麻薬のバイヤー、麻薬王ケインを検挙した。一方、オムニ社はロボコップ抹殺のため開発した、より強力な「ロボコップ2」に死亡した麻薬王・ケインの脳を搭載する。完成したロボコップ2は記者会見の席で凶暴な正体をあらわし、無差別破壊を繰り返す。

無作為に選ばれた中学3年の1クラスを最後まで殺し合わせる新世紀教育改革法・通称“BR法”。その極限状況を生き延びた七原秋也は数年後、反BR法のテロ集団“ワイルド・セブン”を組織し首都を爆破、すべての大人たちに宣戦布告する。一方大人たちは通称“BRII”と呼ばれる新法を制定、孤島に立てこもる七原たちに、札付きの不良ばかりが集まる1クラスを送り込む。だが、その生徒たちには、1．七原を殺せば勝ち、2．制限時間は三日間、3．ペアを組み一方が殺されればもう一人も爆死する、というあまりにも非情なルールが課せられていた…

前作で大失態を犯してしまったオムニ社は、業績回復のため新たにデトロイトで都市再開発計画を進めていた。計画遂行の邪魔になる住人は特殊部隊を使い強引に追い出し収容所送りにしていた。特殊部隊が住居から追い出され教会に逃げ延びていた住民達を強引に捕らえようとしていた時、非番で防弾チョッキを未着用であったアン・ルイス巡査は銃撃によって重傷を負い、ロボコップもまた大きな損傷を受けるが市民反乱軍によって助け出される。