舞台はオプティマスプライム率いるトランスフォーマー達が地球に来て間もない１９９４年。あらゆる星を丸呑みにして食べ尽くす、規格外サイズの最強・最悪の敵「ユニクロン」が地球を次の標的に動き出していた。危機に立ち向かうべく、プライムが仲間たちを集め、意図せず戦いに巻き込まれた人間のノア、エレーナや、そして地球を救う新たな希望“ビースト”たちとともに立ち上がる！

西暦2400年代、地球人類は紋章族（ハルマ・クフツ）との戦いに敗れ、現在はその占領下にあった。紋章族の救助中だった戦艦テトラスケリオンは、狂った機械生命オートマトンに支配された紋章艦に奇襲され、ガロリイ、ニコライ、ジェニングスのみが生き残るが、ジェニングスは第二次攻撃で死ぬ。 ガロリイは戦力増強のため、救助した紋章族の少女アルテアを呪文で目覚めさせる。ガロリイとアルテアは敵紋章艦の中枢にいるオートマトンの破壊のため、ニコライは生存者救出のため、それぞれ敵紋章艦に突入する。