In een verre toekomst heeft oorlog de hele aarde verwoest, waardoor alleen een dorre woestenij overblijft waar de watervoorziening wordt gecontroleerd door een hebzuchtige koning.

Luke Skywalker werkt op het land bij z'n oom en tante op de planeet Tatooine. Als zij door Keizerlijke troepen worden vermoord, sluit Luke zich aan bij de groep rebellen die vecht tegen de tirannie van de Keizer en de slechte Darth Vader. Luke, Princess Leia, Han Solo en de andere rebellen doen een poging de Death Star, het nieuwe wapen van de Keizer, te vernietigen.

In een futuristische stad die duidelijk verdeeld is tussen de werkende klasse en de stadsarchitecten, wordt de zoon van de hoofdarchitect verliefd op een profeet uit de werkende klasse, die de komst van een redder voorspelt die in hun onenigheden zal bemiddelen.

Nadat in 1996 vijf miljard mensen uitgeroeid zijn door een virus, leeft in 2035 de mensheid (of wat er nog van over is) ondergronds. De veroordeelde James Cole wordt teruggestuurd in de tijd om onderzoek te doen naar het virus, zodat er aan een bestrijding gewerkt kan worden.

De machines hebben de locatie van Zion, de laatste menselijke stad, gevonden. De enige hoop voor de rebellen is The Keymaker, een man met toegang tot alle deuren naar de machinewereld. Hij wordt echter bewaakt door The Twins, een gedreadlocked duo dat kan verdwijnen en verschijnen als geesten. Agent Smith kan zich inmiddels als een virus in The Matrix vermenigvuldigen, wat de zoektocht voor Neo, Trinity en Morpheus bemoeilijkt.

1999: tijdens de laatste dagen van het oude Millennium is Lenny Nero, een ex-agent, een dealer van data-discs. Deze discs bevatten opnames van herinneringen en emoties. Op een dag ontvangt hij een disc met daarop de herinneringen van een moordenaar die een prostituee vermoordt

Terwijl het een kwestie van uren is voor de machines Zion binnen zullen dringen moeten Trinity en Morpheus op zoek naar Neo, die gevangen zit in een wereld tussen de Matrix en de echte wereld. Wanneer het gevecht tussen de machines en de bewoners van Zion begint probeert Neo definitief af te rekenen met Agent Smith.

De Minerva meert aan bij een ZAFT-basis, waar ze worden opgewacht door voorzitter Durandal. Tijdens een rustig diner praat hij met Athrun, Shinn en andere leden van de bemanning. Dit gesprek brengt Shinn ertoe na te denken over het verleden en de gebeurtenissen die hen hebben gebracht waar ze nu zijn. Maar begrip brengt geen vrede, en na nog een ruzie met enkele van zijn scheepsmaten gaat Shinn aan land om zijn hoofd leeg te maken. Daar ontmoet hij een mooi meisje en ziet haar in de oceaan vallen. Hij duikt erin om haar te redden, en moet op zijn beurt wachten om gered te worden. Ondertussen verzamelen de Alliantietroepen zich, samen met hun Orb-bondgenoten, om een ​​aanval op ZAFT te lanceren. De Minerva bereidt zich voor op de strijd. Maar onbekend aan beide kanten, ver onder de golven, gaat een andere groep proberen een einde te maken aan de gevechten.

THX-1138, LUH-3417 en SEN-5241 proberen te ontsnappen uit een futuristische samenleving die zich onder de oppervlakte van de aarde bevindt. De samenleving heeft seks verbannen en gebruikt drugs om de bevolking te controleren.

Heden. Marc is een ambitieus en briljant man, die het ene na het andere project tot een goed einde brengt. Wanneer hij te horen krijgt dat hij aan een ongeneeslijke kanker lijdt en nog hoogstens twee jaar te leven heeft, is dat voor hem een verschrikkelijke emotionele opdoffer.

Het jaar is Kosmisch Tijdperk 73. De Bloedige Valentijnsoorlog, uitgevochten tussen de PLANTS ruimtekolonies en de naties van de Atlantische Federatie, is geëindigd en er is een ongemakkelijke wapenstilstand op aarde ontstaan. Met de ondertekening van het Junius Zeven-verdrag hebben de soldaten van de wereld het slagveld en de gruwelijke aanblik van de oorlog achter zich gelaten. Velen die hebben gevochten zoeken nu vrede en toevlucht in de beschutting van het burgerleven. Maar één jongen, Shin Asuka, vindt dat ongelooflijk moeilijk. Als coördinator die zijn hele familie verloor tijdens de Slag om Orb, vecht hij nu met ZAFT in een van hun nieuwste machines, de Impulse Gundam. Natuurlijk ontwikkelt ZAFT deze machines alleen voor defensieve toepassingen - dat beweren ze tenminste - maar wanneer een groep Federatie-agenten enkele van deze prototypemachines steelt, wordt de wereld opnieuw in de richting van oorlog gestort.

Nadat hij Logos en de Earth Alliance heeft verslagen, onthult de triomfantelijke voorzitter Durandal nu zijn ultieme plan voor de mensheid. De wereld reageert met verwarring en afgrijzen op de details van het Destiny Plan, maar Durandal is te ver gekomen om iemand zijn droom van eeuwige vrede en geluk in de weg te laten staan. Met behulp van de wapens van zijn gevallen vijanden laat de voorzitter zien dat hij voor niets zal stoppen om zijn nieuwe wereld te creëren. De Aartsengel en zijn bondgenoten zijn nu de laatste hoop van de mensheid om Durandal ervan te weerhouden zijn plannen uit te voeren. Opnieuw begint een hevig gevecht rond het Requiem-kanon en zijn relaisstations, en de Gundam-piloten ontmoeten elkaar in een laatste confrontatie boven het maanoppervlak. Shinn tegen Athrun, Kira tegen Rey, Aartsengel tegen Minerva... Uiteindelijk kan er maar één overwinnaar zijn.

De vloten van de Earth Alliance en de Orb Union verzamelen hun krachten in de Middellandse Zee en lanceren een tweede aanval op de Minerva, en deze keer kan zelfs de tussenkomst van de Aartsengel de gevechten niet stoppen. Terwijl Shinn zijn woede loslaat op de Orb-vloot, gaan Kira en Athrun de confrontatie met elkaar aan in de strijd, en een van deze levenslange vrienden wordt verslagen. Terug in het PLANT-thuisland denkt voorzitter Durandal terug aan zijn verleden en overweegt hij zijn plannen voor de toekomst... plannen die de verwijdering van verstorende elementen zoals Lacus en de Archangel-bemanning vereisen. In de nasleep van de strijd komt Shinn tot een noodlottige beslissing. Stella, de vijandelijke piloot die hij ooit beloofde te beschermen, zit nu gevangen aan boord van de Minerva. Stella's fysieke toestand gaat snel achteruit en Shinn zal alles waarin hij gelooft moeten verraden om haar leven te redden.