ゲームオーバーは現実の死に直結する。 全ての原点であるデスゲーム『ソードアート・オンライン』が、 劇場のスクリーンで新たに幕を開ける。 『ソードアート・オンライン プログレッシブ』は、《SAO》物語のすべての始まり、 アインクラッド第一層からの軌跡を、深く掘り下げながら詳細に描く作者自身によるリブート・シリーズ。

メイン州の山奥で製紙工場と先住民族との間で森林を巡る権利争いが起き、その争いを解決すべくワシントンD.C.の医師ロブが調査を依頼される。現地では魚の巨大化や野生動物の狂暴化などの異変が起きていて、ロブは先住民族から「工場が流しているメチル水銀が原因」と聞かされる。さらにロブは、伝説の怪物が長い眠りから目覚めたという予言を告げられる。そしてある日、奇形化した巨大クマが出現し、人間たちを殺害していく。