Kioko, star de la mode, s’ennuie dans son appartement en attendant son rendez-vous avec Watanabe, une rédactrice en chef chargée de l’interviewer. Dans le jeu de domination et d'humiliation entre elle son assistante, les rôles vont peu à peu s’inverser. À moins que tout ça ne soit fictif ?

Tomoo Taniguchi et son épouse Kana vivent paisiblement auprès de leur jeune fils Minori. Un jour l'enfant est enlevé et mis en pièce sous les yeux des parents par un monstrueux skinhead. Fou de douleur, le père se retrouve captif d'une organisation vouant un culte au dieu de la destruction. Il devient le cobaye psychique et virtuel du savant.

Dieu se débarasse avec un rasoir droit. La Terre Mère, semblable à un esprit, émerge, s'aventurant dans un paysage sombre et stérile. Secousses et recroquevillés, le Fils de la Terre est attaqué par des cannibales sans visage. Présenté de manière surréaliste, sanglante et entièrement visuelle, Begotten raconte la mort de la religion, l'abus de la nature par l'homme et une vision nihiliste de ce qu'est finalement la vie.