Vabariigi eelnev valitseja on tellinud ühelt salajaselt organisatsioonilt suure hulga roboteid, mis moodustaks enamuse moodustatavast sõjaväest. Padme (Natalie Portman) aga ei poolda suure armee loomist, sest näeb selles ohtu väiksemate riikide vabadusele. Kui aga Padme, Obi-wan (Ewan McGregor) ja Anakin (Hayden Christensen) end kinnipüütuna keset hiiglaslikku lahingut leiavad, ei jää enam muud valikut...

Lõvi Alex, sebra Marty, kaelkirjak Melman ja jõehobu Gloria on ikka veel Madagaskaril, kuid vahepealse aja jooksul on sündinud sedavõrd hullumeelne plaan, et see võib isegi toimida. Nimelt on suutnud ettevõtlikud pingviinid seada töökorda vana lennukivraki ning nüüd kavatsevad sõbrad sellega tagasi koju lennata. Paraku püsib sõiduk õhus ainult natuke aega, millele järgneb hädamaandumine Aafrika südames. Seal kohtavad nad esmakordselt elus liigikaaslasi ning tutvuvad oma juurtega.