Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio, l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.
Avant de devenir protecteur, Kenshin était un redoutable assassin nommé Battosaï. Après sa rencontre avec l'affable Tomoe Yukishiro, tout commence à changer pour lui.
Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu'au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé vif et laissé pour mort. Survivant et avide de vengeance, il est désormais à Kyoto où il prépare un complot avec sa troupe de guerriers pour renverser le gouvernement. Kenshin se voit donc obligé d'aller contrer les plans de Shishio pour l'avenir de son pays.
Un seigneur atteignant les 60 ans est sur le point de choisir un successeur pour son dojo. Son fils, excellent sabreur et paraissant aimable au premier abord, assassine pourtant soudainement le futur époux de sa sœur. Suite à cet incident, son comportement devient de plus en plus violent, imprévisible et préoccupant pour son entourage. Son père et le dojo commencent donc à douter de sa santé...
Isazo, aussi doué pour le jeu que dans le maniement du sabre, rencontre, dans une auberge, un jeune garçon qui se trouve être le fils de Yoshino, ancien amour d'Isazo, qu'il n'a jamais pu épouser...
Une bande de ninjas est chargée d'infiltrer le Château de Fer pour y kidnapper la châtelaine, sans la blesser.