병법에 뛰어나면서도 아직 모실 주군을 결정하지 못하고 나이만 먹고 있던 "야마모토 칸스케(山本勘助)"는 카이노쿠니(甲斐国, 카이국)의 "타케다가(武田家)"를 주목하고 "이타가키 노부카타(板垣信方)"를 통해 "타케다 하루노부(武田晴信 = 타케다 신겐)"와의 접견을 허락받는다. "타케다가"의 가신들은 뜨내기인 "칸스케"의 재능을 인정하려 들지 않았지만, "하루노부"는 "이타가키"의 추천이라면서 "칸스케"를 받아들인다. "칸스케"는 그의 진언에 따라 출정한 시나노노쿠니(信濃国, 시나노국, 현재의 나가노현 일대)의 스와(諏訪) 공략에서 첫 출전임에도 멋진 계략으로 대영주(戦国大名, 센고쿠다이묘) "스와 요리시게(諏訪頼重)"를 모살하는 공을 세운다. "하루노부"는 이어서 시나노(信濃) 공략에 나서는데, 타케다군은 이 싸움에서 "칸스케"의 이해자이자 지원군이던 "이타가키"를 비롯하여 "칸스케"를 싫어하여 목숨까지 노렸던 "아마리 비젠노카미(甘利備前守)" 등이 전사하고 마는 큰 희생을 치루게 되고 마는데...

3인의 사무라이는 방앗간이라는 한정된 공간을 중심으로 이야기가 진행이 된다. 지주의 딸을 납치한 소작농들은 뒷일이 어찌 될지도 모르는 단순 무식한 사고에서 자신들의 처우 개선을 요구한다. 목숨을 담보로 한 처절한 투쟁이었지만 그들은 힘도 지혜도 없다. 단지 그렇게 하지 않고는 더 이상 살아 갈수 없는 처절한 환경 속에서 나름대로 방법이라고 찾은 게 지주 딸을 납치하여 그 딸의 생명을 담보로 잡고 자신들의 생계가 걸린 조항들을 요구하는 것 이었다. 물론 관철시켜 주면 딸을 풀어 주려고 하지만 지주 계급은 이들의 저항을 일거에 무시해 버리고 무력으로 진압하려 한다. 며칠 뒤 영주의 순시가 있을 예정이어서 그 이전에 이 반란 아닌 반란을 진압해야 한다는 강박 관념까지 앞서서 그들은 무리하게 감옥에 수감되어 있던 죄수들에게 미끼를 던져 그들을 해치우게 하는 전략을 쓰지만 투옥되어 있던 죄수 중 하나가 소작농의 처지를 알게 되고는 오히려 그들 편으로 돌아선다. 한편 방앗간을 우연히 들렀던 나그네 무사는 여인을 인질로 잡은 그들을 오해하여 공격하려 하다가 그들의 이야기를 듣고는 참여도 방관도 못하는 입장에 처하지만 딱한 그들의 앞일을 염려하여 떠나지 못하고 합세하게 되고 만다. 보냈던 자객들이 소작농과 무사에게 무참하게 당하고 말자 이번엔 소작농의 가족을 볼모로 그들과 맞서지만 소작농의 가족은 스스로 자결하여 이들의 투쟁을 돕는다. 결국 서로 물러설 길이 없어진 두 세력 간에 화합점이 나온다. 인질을 풀어주는 대신 소작농에게 죄를 묻지 않겠다는 것, 그러나 처벌을 받아야 한다는 것. 그 처벌은 태형 100대였고 소작농에게 가세했던 무사는 싸워봤자 결국 소작농들이 모두 죽고 말 것 이라는 걸 알고 대신하여 그 처벌을 받겠다고 자진하여 나서지만 지주 계급은 무사를 처벌하고 나머지 주동세력을 모두 사살한다. 이에 회의를 품은 지주 측의 고용 무사가 이들에게 반기를 들고 소작농 측으로 가세하여 3명의 무사가 결성되고 이들은 지주가 불러들인 당대의 무사와 대결을 하게 된다.

도쿠가와 막부 4대 장군의 동생을 차기 장군으로 올려서 실권을 잡으려고 하는 막부의 대노 사카이 그룹에 몇몇 무사들은 불만을 품고, 사카이를 암살하려는 계획을 세운다. 영화는 막부 그룹과 반란 그룹 사이의 암투를 담담하게 묘사한다. 신선한 영상미와 대담한 연출이 빛나는 작품으로 핸드헬드로 찍은 최후의 결전 장면은 압도적인 인상을 남긴다. 1960년대 초반 토에이사는 이전까지의 형식적인 시대극에서 탈피하여 쉬운 형식의 시대극을 대거 양산하기 시작하였다. 이 작품도 그 중 하나이다.

막부시대에 쇼군의 동생이자 포악한 영주인 나리츠구를 암살하기 위해 쇼군의 최측근인 도이의 요청으로 신자에몬을 중심으로 13인의 자객이 모인다. 그들은 나리츠구가 에도에서 돌아오는 길에 거사를 행하기로 한다. 그러나 나리츠구의 경호대장 한베이 역시 신자에몬의 계획을 눈치채고, 그에 대한 대비책을 세운다.

에도(지금의 동경) 막부의 3대 장군인 도쿠가와 이에미쯔는, 자애로운 군주로서 명망을 얻고 있었다. 그러나 말년에 술과 여자에 취해 정세판단력 마저 흐려져 끝내는 본 부인에게 얻은 첫째 아들 다께치요를 없애고 첩에게서 얻은 자식을 자신의 후계자로 올릴 생각을 하게된다. 이에 이에미쯔는 다께치요를 없앨 생각으로, 가관식을 빌미로 한 음모를 꾸미기에 이른다. 한편, 사쿠라 일문의 수장인 호타 마사모리의 저택에서 지내고 있던 다께치요에게 가관식을 치르기 위해 에도로 급히 돌아오라는 장군의 명령이 내려지고, 다께치요를 친자식처럼 보살피고 있는 호타는 장군의 명령이 의심스럽지만 장군의 영을 거역할 수 없어 할 수 없이 보내기로 한다. 대신에 다께치요를 경호할만한 무사 7명과 호타의 아들인 마사토시와 그의 병사들 그리고 유모 야지마 등을 같이 붙인다. 그러던 어느 날, 한 광산 근처에서 하룻밤을 머물게된 일행은 장군의 사주를 받은 로주 아베의 군대에게 공격을 받는다. 이때 처절한 혈투 속에 대다수의 병사들이 죽게되고 다께치요와 마사토시 그리고 7명의 사무라이들과 유모만이 살아남아 간신히 도망을 친다. 계속 되는 쫓고 쫓기는 적들의 공격에 7명의 무사들은 한 명씩 최후를 맞이 하게되고, 계속 다가오는 포위망 속에 높은 절벽과 깊은 계곡, 험한 산 속에서 과연 그들은 에도에 도착할 수 있을는지.

평화로운 생활을 보내던 고에몬은 오다 노부나가의 닌자들에 의해 아이를 잃는다. 복수의 화신이 된 고에몬은 반 오다 노부나가 파인 사이카당에 들어가서 닌자 부활을 선언한다. 고에몬은 아케치 미쓰히데를 이용해서 오다 노부나가를 죽이게 된다. 오다 노부나가의 죽음 이후 천하의 형세는 변하게 되고, 권력을 잡은 도요토미 히데요시가 사이카당을 전멸시키려 군사를 일으킨다. 여기서 고에몬 혼자 살아남게 되어 도요토미 히데요시에게 복수를 하려고 하나, 결국 도중에 잡히고 만다.