Hellboy, pacarnya yang pirokinetik, Liz, dan empati akuatik, Abe Sapien, menghadapi pertempuran terbesar mereka saat seorang pangeran peri dunia bawah berencana untuk merebut kembali Bumi demi kerabatnya yang ajaib. Bosan hidup dalam bayang-bayang manusia, Pangeran Nuada mencoba membangkitkan kekuatan kuno mesin pembunuh, Golden Army yang sangat kuat, untuk membersihkan jalan bagi makhluk-makhluk fantasi agar bebas berkeliaran. Hanya Hellboy yang dapat menghentikan pangeran kegelapan dan mencegah pemusnahan umat manusia.

Black Manta membalas dendam pada Aquaman atas kematian ayahnya. Memegang kekuatan Black Trident, dia menjadi musuh yang tangguh. Untuk membela Atlantis, Aquaman menjalin aliansi dengan saudaranya yang dipenjara. Mereka harus melindungi kerajaan.