無実の罪で投獄された男ビンセント・バリーは、サンクエンティン刑務所を脱獄。無実の罪で獄死した父を持つ女性アイリーンの助けを借り、顔まで変えて真犯人に近づいていくが・・・。

夜神 月（やがみ ライト）はある日、奇妙な黒いノートを拾う。それは死神・リュークが落とした、ノートに名前を書かれた人間が死ぬ｢デスノート｣だった。犯罪者を裁く法律に限界を感じていた月は、世の中を変えるため、ノートの力で犯罪者を次々と葬り始める。やがて犯罪者を葬る者の存在に気付いた人々は殺し屋（＝Killer）の意味から「キラ」と呼び始め、キラを神と崇め崇拝する者まで現れた。 一方、警察組織はキラの行為はあくまでも連続殺人であるとし、その調査・解決のためにある人物を送り込んだ。警察を裏から指揮し、数々の難事件を解決してきた世界的名探偵Ｌ（エル）である。 天才同士の戦い、求める世界の違いから起こったこの闘いに勝つのは死神の力を持つキラか、それとも警察を動かすLか。

以前アスリートだったFBI捜査官ジョニー・ユタは、エクストリームスポーツのカリスマ、ボーディが中心となっているアスリート犯罪集団への潜入捜査を開始する。彼らには、卓越した能力を使って、犯罪行為を繰り返している疑いが掛かっていた。しかし、ユタは彼らと危険な行動を共にするうち、ボーディに対し信頼と友情を抱くようになる。