ロバート・ネビルは優れた科学者だが、彼でさえ、その恐ろしいウイルスを食い止めるすべを知らなかった。それは誰にも封じることができず、治すこともかなわず、しかも、人間が作り出したウイルスだった。なぜか免疫があったネビルは、荒れ果てたニューヨークで――あるいは世界で――ただ１人生き残っている。この３年間、彼は毎日几帳面に無線でメッセージを流し続け、必死にほかの生存者を捜してきた。だが、確かに彼は"１人"ではなかった。ウイルスに侵され、変異した人間たちが闇に潜み、彼を見つめていたのだ。ネビルを駆りたてているのは唯一残った使命、それは、彼自身の免疫のある血液を使ってウイルスの影響を改善する方法を見つけること。しかし、彼には圧倒的多数の敵が迫り、時間は刻々となくなっていく...。
地球暦2005年。セイバートロン星はデストロンの占領下にあった。そしてサイバトロンは、セイバートロン星にある2つの月に設けたムーンベース、そして地球のサイバトロンシティを拠点とし、故郷奪還の悲願に燃えていた。 度重なる激戦の末にサイバトロンは多くの仲間と、そして総司令官であるコンボイまでを失うこととなった。そして、サイバトロンのリーダーが代々受け継ぐ叡智の結晶「マトリクス」はコンボイの身を離れ、新たにリーダーとなる人物を待つことになる。 一方、セイバートロン星で伝説として伝わる超巨大トランスフォーマー「ユニクロン」が宇宙の彼方より現れ、セイバートロン星に迫りつつあった。ユニクロンはマトリクスが自らの脅威と自覚し、スタースクリームの裏切りで宇宙空間に放逐されたメガトロンをガルバトロンとして再生強化し、マトリクスの破壊を命じる。 新生デストロン、そしてユニクロン。果たしてサイバトロンは母星を、マトリクスを守りきれるのか。
コンピュータ・マニアの高校生デビッドは，ゲーム会社のネットワークに不正アクセスして発売前の最新ゲームを盗み出そうとする。アクセスに成功し画面に現れたのは，あらゆる状況を想定した戦争シミュレーションのリストだった。大喜びのデビッドは「全面熱核戦争」を選びゲームを始める。攻撃目標はラスベガスと地元シアトルだ。同時刻、北米大陸防空司令部の戦略コンピュータは、ラスベガスとシアトルに核ミサイルが接近中とのミサイル警報を発令する。
2003年、火星にビークル2号探知機を打ち上げるが、火星に到着後NASAとの交信が途絶えてしまう。その後、アメリカ、パリ、東京、さらにはアメリカ大統領の乗るエアフォース・ワンの機内など、世界中の至るところで同時期に奇妙な現象が起きる。人間たちは、それが地球上のあらゆるテクノロジーをスキャンする知能を持つ“金属生命体”のしわざだとは知らなかった。
人体にバイオ・ケーブルを接続して楽しむゲーム“イグジステンズ”の発表会で、開発デザイナーが狙撃される。現場に居合わせた警備員テッドは彼女を守ろうとするが……。監督は鬼才デヴィッド・クローネンバーグ。
両親を亡くし叔父のベンと叔母のメイの許で育てられたピーターは、ある日自分の父親が残したバッグに隠された資料をみつける。父について知りたいピーターは父の研究者仲間だったコナーズ博士に近づき博士の授業に参加する。しかし単独で行動し侵入した部屋で遺伝子の組みかえられたクモに刺され、博士の下で勉強している同級生のグウェンに追い出される。その帰りの電車の中でピーターは驚異的な力に目覚める。
オートボットとの壮絶な戦いの末に敗北したディセプティコンが、新たな仲間を率い、より凶悪になって復活。ディセプティコンの新たな侵略計画は、現存するオートボットたちの総力をはるかに上回る巨大なトランスフォーマー、“デヴァステーター”やメガトロン以上に凶悪な“フォールン”を擁するものだった。
次々と子供を死に至らしめる未知の伝染病がNYで発生。被害が拡大するのを防ぐため、昆虫学者スーザンは感染源であるゴキブリを全滅させるべくアリとカマキリの遺伝子を合成した新種の昆虫<<ユダの血統>>を生み出す。
ある日、スペースシャトルが原因不明の事故で地球に墜落。その残骸の中には、謎の生命体が付着していた。やがて間もなく、感情を失ったように人間の行動を変質させる謎の伝染病が発生する。そんな中、精神分析医のキャロルはこの病原体が地球上のものではないことを突き止める。そして、最愛の息子オリバーがウィルスの拡大を阻止する鍵を握っていることも分かるのだったが...。
有害な電磁波で形成された知的生命体がロシアの宇宙ステーションを襲った。やがてそれは意思を持つ電磁波と人類との戦いに発展する。未知なる恐怖を描いた衝撃的なJ．ブルーノ監督デビュー作。
ミツバチがアメリカからいなくなり、突然人々が自殺を始めた。髪留めで自らの首を刺す女性、工事現場で次々と飛び降りる作業員たち。果たしてこの行動の原因は何なのか?テロか、放射能汚染か、環境汚染か。