De vijftienjarige Rune Ballot wordt door de snode gokker Shell Septinous ontvoerd en na een explosie voor dood achter gelaten. Hij heeft er echter niet mee gerekend dat ze middels cybernetische technologie gered en genezen zou worden. Nu is Rune uit op wraak, en heeft de kracht van de biotechnologie aan haar kant.

De wetenschapper Alma is werkzaam bij het vooraanstaande Pergamon Museum in Berlijn. Aangezien ze haar eigen onderzoek wil financieren, besluit ze deel te nemen aan een bijzondere studie. Ze zal samenleven met een robot die een menselijk uiterlijk draagt en die aangepast is aan haar karakter en noden.

Neo zit weer gevangen in de wereld van de Matrix, maar is zich hiervan niet bewust. Hij neemt de blauwe pil in en gaat naar een therapeut. Hierin komt verandering wanneer een man Neo's leven binnenstapt om hem duidelijk te maken dat zijn realiteit nep is. Zijn leven blijkt niet meer dan een droombeeld.