西暦2030年、電脳化が一般化され情報ネットワークが高度化する中で、光や電子として駆け巡る意思を一方向に集中させたとしても、「孤人」が複合体としての「個」となるまでには情報化されていない時代。複雑化する犯罪に対抗するため、内務省直属の独立防諜部隊として設立された「公安9課」（通称「攻殻機動隊」）の活躍を描く。サイバー犯罪の捜査やテロリズムの抑止・検挙、要人警護、汚職摘発など極秘裏な任務は多岐にわたるが、遂行していくうちにある一つの事件が浮かび上がっていく。

サムは地球で必要なエネルギー源を採掘するため、3年間で月にたった一人で滞在する仕事に就く。地球との直接通信は許されず、話し相手は1台の人工知能コンピュータだけの環境だったが、任務終了まで2週間を残すある日、サムは自分と同じ顔をした人間に遭遇する。

デジタル業界のカリスマ、ケヴィン・フリンが謎の失踪を遂げてから20年たったある日、27歳に成長した息子サムに父ケヴィンからのメッセージが届く。サムは、父ケヴィンの消息を追って父のオフィスに足を踏み入れるが、そこには衝撃的な真実が待ち受けていた。

暴走したアンドロイドたちの突然の反乱により、終末を迎えた世界。出産を控える若い女性とその恋人が、安全地帯を目指して決死の覚悟で危険な旅を続けてゆく。

太陽風の増加が原因で砂漠化が進み、人類存亡が迫りつつある2044年。人間に代わる労働力としてオートマタと呼ばれる人工知能搭載ロボットが人々の生活に浸透していた。さらに、生命体に危害を加えない、自身で修理・改善しないというルールが製造時に組み込まれており、人間との共存に支障が出ないシステムが確立されていた。そんな中、オートマタ管理者ジャックは彼らが自発的に修理を行っていたのを知って驚く。その首謀者と目的を探る彼だが、思わぬ事実に突き当たる。