時は2138年。仮想現実の中を自由に遊ぶことのできる体感型ゲーム全盛の時代に一大ブームを巻き起こしたオンラインゲーム《ユグドラシル》は静かにサービス終了を迎えるはずだった。しかし、終了時間を過ぎてもログアウトしないゲーム。突如として意思を持ち始めたNPCたち。 ギルドの外には見たこともない異世界が広がっていた。現実世界ではゲーム好きの孤独で冴えない青年が、骸骨の姿をした最強の大魔法使い・モモンガとなり、彼の率いるギルド《アインズ・ウール・ゴウン》の伝説が幕を開ける!

かつて、天地の祖父・遥照に失恋してしまった闇の世界の住人・由厨葉はある企みを思いつく。それは天地と自分の髪の毛を使って少女を作りだし、天地を自分の手に入れようとするものだった。ある日、天地は墓参りの途中でひとりの少女と出会う。彼のことを「パパ」と呼び、なついてくる彼女に一同は戸惑いを隠せない。天地を慕う魎呼と阿重霞は、少女を呼び出し真相を話すよう迫るが…。

ミネソタ州の小さな町にある本屋で、飼い主リンダと仲良く暮らすインコのブルー。読書家で人間顔負けの博識ぶりを誇る彼だが、屋内で育ったために飛び方を知らずにいた。そんな中、リンダのもとをブラジルの鳥類学者チュリオが訪問し、ブルーが絶滅危惧種のアオコンゴウインコだと告げる。絶滅回避のためにリオデジャネイロの研究施設へ来てほしいという頼みを受け、ブラジルへと向かうリンダとブルー。施設で出会った同じ種のジュエルに心ときめくブルーだが、施設に侵入した何者かによってジュエルと共に密売団へと引き渡される。

裕福だけれど金にうるさい父親から信託基金のお金を引き出すため、狂言誘拐を計画する娘。気の弱い青年は彼女の計画に巻き込まれ、彼の災難が幕を開ける。

ギリシャ神話でも知られる海の神ポセイドンと人間の母の間に生まれた、ハーフゴッドのパーシー。謎のクリーチャーに襲われた彼は、それをきっかけに人間界と神々の世界の境目にあった結界が破られ、ハーフゴッドの世界を守るタレイラの木が枯れようとしているのを知る。また、その裏にはポセイドンらによって封印された神々の父クロノスの復活が関与していた。

アラスカ州の田舎町ペンバートン。例年の如くマイアミから休暇を過ごしに遣って来た動物学者ロジャー・サマーズは、渡り鳥の異常行動に不安を覚える。気候災害の前兆かも知れない。 そんな折り、森の中で隠遁生活を送るヒューズ博士と出会う。彼は嘗て、地球温暖化による影響を声高に叫んだ環境学者だった。けれど、過激な発言が疎まれて学会から無視された挙げ句に、ハリケーン《カトリーナ》で妻子を失ってからは、すっかり厭世的になっていた。 ロジャーは、ヒューズ博士の唱えて来た気候災害が現実のものになったと直感する。 観測所で得られたデータと凍りついた研究員の遺体から、上層から超低温の大気が地上に降りて来て、嵐のように吹き荒れる現象が局地的に発生していることを突き止める。然もその現象は次第に大きくなり、世界各地で猛威をふるうだろうと予測できた。 ロジャーは、一緒にアラスカに来た家族を救おうと町に戻る。 一方、ヒューズ博士は、何とかデータを政府に送って然るべき対策を取って貰おうと行動を開始する。