ベトナム戦争が真っただ中のサイゴン。アメリカ陸軍情報部のウィラード大尉にある密命が下される。それは、カンボジアに特殊任務で赴いたままジャングル奥地に自らの王国を築き、カリスマ的な存在と化した危険人物カーツ大佐を暗殺せよ、というもの。任務を全うすべく、ウィラード大尉は4人の部下とともに哨戒艇に乗り込み川をさかのぼる。道中、極限状態に晒され続けた彼らは幾多の異常な世界を体験していく。やがて彼らはついに、ジャングルの奥深く、カーツ大佐が潜伏する“王国”へと辿り着くのだった。
ある夏の日、5年前に事故で死んでしまったはずの“めんま”こと芽衣子が現れる。かつて、仲良しグループ“超平和バスターズ”を結成していた6人組。芽衣子のほかの5人は、高校生になっていた。事故の日以来、離れ離れになっていった彼らだったが、芽衣子が彼らの前に現われた理由を探すために再び集まる。
FBI特別捜査官チェット・デズモンドは町のウエートレス、テレサ・バンクスの殺害事件を調査中に謎の失踪を遂げる。それから1年後、町全体に巣くった邪悪な者達は学園の女王であるローラ・パーマーを標的にし始めていた。時を同じくして、テレサ・バンクス殺害事件の捜査を引き継いだ特別捜査官デイル・クーパーは、彼に備わった特別な才能、鋭い第六感を生かして深い謎を解明しようと決意するのだった。
某テレビ局のディレクターである浅川玲子は、都市伝説にまつわる取材の中で、見た者を1週間後に死に至らしめる「呪いのビデオ」に関わったと噂される男女が、数日前に奇怪な死を遂げた自分の姪、大石智子と同日の同時刻に死亡していることに気づく。調査を進めた玲子は、同時に死んだ智子たち4人の間には交友関係があり、彼らが1週間前に伊豆の貸し別荘「伊豆パシフィックランド」に宿泊していたこと、そしてその際に撮影されたフィルム写真上の4人の顔が不気味に歪んでいることに着目する。彼らの死の謎を突きとめようとして問題の貸し別荘を訪れた玲子は、そこで貸出されていた不審なビデオの映像を見てしまい、直後に不気味な無言電話を受け取る。これを境に、玲子自身の写真もまた死んだ4人と同様に歪んだ顔で写るようになってしまう。
1998年8月。両儀式は黒桐幹也に頼まれ、一定の期間、黒い猫を預かることになり……。
特殊能力を持つ、漫画家・岸辺露伴は、青年時代に淡い思いを抱いた女性からこの世で「最も黒い絵」の噂を聞く。それは最も黒く、そしてこの世で最も邪悪な絵だった。時は経ち、新作執筆の過程で、その絵がルーヴル美術館に所蔵されていることを知った露伴は取材とかつての微かな慕情のためにフランスを訪れる。しかし、不思議なことに美術館職員すら「黒い絵」の存在を知らず、データベースでヒットした保管場所は、今はもう使われていないはずの地下倉庫「Z-13倉庫」だった。そこで露伴は「黒い絵」が引き起こす恐ろしい出来事に対峙することとなる…
J・J・エイブラムスが、モキュメンタリーの手法で描く、巨大都市ニューヨークを舞台に“未知の何者か”が大規模な破壊を繰り広げるSFパニック・アクション超大作。とあるニューヨークの夜、日本への転属が決まり、赴任することになったロブ(マイケル・スタール=デヴィッド)のために、大勢の仲間たちがサプライズ・パーティーを開く。そのパーティーの最中、突然、とてつもない爆音が聞こえ彼らが屋上へ行くと、まるで爆撃を受けたかのようにニューヨークの街がパニックに陥っていた。
バーモントの美しい湖のほとりに建つ瀟洒な家。娘を大学へと送り出したノーマン教授と妻のクレアは二人で幸せに暮らしていた。最近隣に引っ越してきたフューアー夫妻はケンカが絶えず、心配して隣家を訪ねたクレアはフューアーの妻メアリーから「夫が恐い」と打ち明けられる。数日後、隣家からメアリーは姿を消し、それと同時にクレアの周りでは奇妙な出来事が起こりはじめる。
1994年10月、モンゴメリー大学映画学科に所属する3人の大学生がドキュメンタリー映画製作のためにメリーランド州ブラック・ヒルズの森に分け入った。その土地に今なお残る伝説の魔女“ブレア・ウィッチ”をテーマにしていたのだ。だが3人はそのまま消息を絶つ。手掛かりが発見されないままやがて捜索は打ち切られた。しかし事件から1年後、彼らが撮影したものと思われるフィルムとビデオが森の中で発見される……。