自分に自信がなく恋人のいないティムは21歳の誕生日に、父親から一家の男たちにはタイムトラベル能力があることを告げられる。恋人を得るため張り切ってタイムトラベルを繰り返すティムは、やがて魅力的な女性メアリーと恋をする。しかしタイムトラベルによって生じたアクシデントにより、そもそもメアリーと出会っていなかったということになってしまう。

本を読むことが好きで勉強には自信があるが内気な兄ジャックと、人間でも動物でもすぐに友達になれる元気いっぱいの妹アニーは大の仲良し。ある日、いつものように森に遊びに出掛けた2人は、森の中で木の上に乗った不思議な小屋を見つける。何とそれは、好きなときに好きな場所に時空を超えてタイムスリップできる魔法のツリーハウスだった。

2023年、バイオメカニカルロボットのセンチネルの攻撃により、X-MENと地球は危機的状況に陥る。プロフェッサーXは宿敵マグニートーと共闘し、1973年にウルヴァリンの魂を送る。しかし、1973年の地球でセンチネル・プログラムの開発を阻止しようとする間も、2023年では地球滅亡の危機が迫っていた。

ハートの女王がオラドンに対してクーデターを起こすと、女王の反抗的な娘レッドと、シンデレラの完璧主義者の娘クロエは、共に過去にタイムスリップする。２人は協力して、ハートの女王が悪の道に進むきっかけとなる出来事を防ごうとする。

「ビルとテッドの音楽が将来、世界を救う」と予言されていた伝説のロックバンド“ワイルド・スタリオンズ”。30年待ち続けだが、人気も落ち込み、今や応援してくれるのは家族だけ。そんな2人のもとに未来の使者が伝えにきたことは、残された時間が77分25秒という衝撃の事実。一秒でも早く曲を完成させないと、世界は消滅してしまう。どうなる地球、どうなるビルとテッド！果たして、この世界を＜音楽＞で救うことはできるのだろうか？！

二十一世紀のある年。地球は宇宙征服に乗り出し、手始めとしてパサトリネ星を狙っていたが、パサトリネ星の住人は地球人に対し“クレオパトラ計画”なる陰謀をたくらんでいることが判明する。ダラバッハ所長はその計画の真相を知るために、女性一人を含む三人の地球人を、精神だけ過去の時代に乗り移れる機械に乗り込こませクレオパトラの時代にと向って旅立たせる。