伝説の黄金郷エル・ドラドへの地図を手に入れたサギ師トゥリオとミゲール。憧れの地にたどり着くが、計画通りに事は運ばない...。

大都市アドベンチャー・シティに魔法の隕石が落ちる。その隕石はパウ・パトロールたちに新しいマイティパワーを与え、最強の子犬“マイティ・パウ・パトロール”に変身する。しかし、宿敵ライバール市長が恐ろしく切れ者のマッドサイエンティスト、ヴィクトリアと手を組み、このマイティパワーを奪おうと画策する。このピンチを、リーダーのケントとマイティ・パウ・パトロールたちは、マイティパワーでパウっと解決できるのか？

博物館の学芸員で、言語学者であるマイロ・サッチは、アトランティスに関する新しい学説を発表するが、館長に無視される。そんな時、彼の前に、謎の女性、ヘルガ・シンクレアが現れる。彼女に連れられ、プレストン・ウィットモア氏のマンションに行ったマイロは、ウィットモア氏に熱意を認められ、アトランティスの探検隊に入れてもらう。

ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、カバのグロリア、キリンのメルマンの４頭とその仲間たちがマダガスカル島に漂着してから数年後。ようやく飛行機でニューヨークへ帰る手筈が整うが、離陸して間もなく燃料切れで不時着してしまう。そこは、彼らの生まれ故郷、アフリカ大陸だった。様々な動物と交流を育むアレックスたち。だがそんな中、水が枯渇する事態に見舞われる。アレックスたちはその原因究明に奔走する。

チキン・リトルは内気でさえない男の子。空から奇妙なかけらが落ちてくるのを目撃するが、町の人々は彼をウソつき少年としてトラブルメーカー扱い。尊敬する父にも信じてもらえなかったことで、ますます自信を失うリトル。そんな時、彼は再び“空のかけら”を発見。変わり者の仲間たちとかけらの正体を追うリトルは、なんと大きな宇宙船に遭遇。かけらは宇宙船のパネルの一部で、やがて宇宙船団が出現し、町は大騒動に陥る。