En Rudger, un amic inventat, se separa de la seva millor amiga Amanda i ha d'unir-se amb Imaginaris perduts per tornar amb ella abans que s'esvaeixi.
En Conan, els seus amics i la Ran es troben resolent un cas a Londres (Anglaterra) al segle XIX, és a dir, als temps de Sherlock Holmes, i en el marc de la reaparició d'un assassí en sèrie britànic: Jack l'esbudellador. Això és possible perquè en realitat la trama del llargmetratge es desenvolupa dins del millor joc de realitat virtual que es coneix al món (anomenat Cocoon), en el qual juguen 50 nens i nenes i han de triar entre 5 escenaris possibles. El misteri espera a en Conan i als altres, els que volen escapar-se del joc resolent els desafiaments que se'ls presenten, ja que si no ho aconsegueixen, el joc podria donar-se per acabat amb ells quedant-se allà per sempre. Han d'atrapar a l'assassí en sèrie sense ser vistos per la policia.
La Sakura guanya un viatge a Hong Kong amb totes les despeses pagades. Acompanyada d'en Kero, la Tomoyo, en Tôya i en Yukito, allà coneixerà la família d'en Shaoran. Tot i així, en Kero comença a dubtar que la Sakura guanyés el premi per un simple cop de sort. Aviat s'adonaran que hi ha algú molt poderós darrere de tot plegat.
El film narra la història de la Taeko Okajima, una dona de 27 anys que treballa en una oficina d'una empresa a Tòquio. Decideix anar-se'n de vacances, fugint de la gran ciutat, a una zona rural, amb la família del seu cunyat. Durant la seva estada, experimentarà com és la feina dura al camp, però també l'acompanyaran en el viatge els seus records de quan anava a cinquè de primària. Uns records que l'ajudaran a reflexionar i qüestionar el camí que ha seguit fins ara.
Consisteix en dues seccions: Death, que és una recapitulació de la sèrie de manera desordenada que gira entorn d'un concert de cordes amb en Shinji, l'Asuka, en Kaworu i la Rei on es van mostrant escenes de la sèrie relatives a cada personatge, i Rebirth, una animació totalment nova que substitueix els capítols 25 i 26 i que conforma la primera part del nou final de la sèrie.