Després d'aconseguir escapar amb Newt i Bishop d'un planeta alienígena, la tinent Ellen Ripley (Sigourney Weaver) recala accidentalment a Fiorna 161, una remota presó galàctica els perillosos reclusos de la qual estan absolutament abandonats a la seva sort.
Dos anys després de derrotar els Decepticons, les vides de Sam i els Autobots han canviat molt. Mentre Sam es prepara per anar a la universitat, els seus amics robots s'han integrat en una força d'elit que captura enemics renegats. Però tot canvia amb l'arribada d'un enemic malvat que, amb un pla enrevessat, planeja un nou alçament dels Decepticons. La humanitat torna a estar en perill, i Sam i els Autobots hauran de formar una vegada més equip per salvar-la.
En un planeta primitiu, uns caçadors pugen a bord de la vella nau espacial. Un és UG, que manté l'aparença d'una estrella de rock & roll que va adquirir durant el seu últim viatge a la Terra. El seu maldestre acompanyant és Cahrli McFadden, un borratxo de Groves Bend, Kansas. Mentre la nau s'endinsa a l'espai, els caçadors reben un missatge que els diu que els Critters no han estat aniquilats. Mentrestant, un home a la Terra té un tresor valuós: milers d'ous amb taques d'estranys colors...
Més de dos-cents anys després de la seva mort, Ripley (Sigourney Weaver) torna a la vida gràcies a l'ús de tècniques avançades de clonatge. Però, durant el procés, l'ADN de Ripley s'ha barrejat amb el de la Reina Alien, per la qual cosa Ripley comença a desenvolupar certes característiques de la perillosa alienígena.
Un equip de científics és enviat a investigar una estranya esfera situada en una nau submergida a l'oceà. Però una terrible tempesta els sorprèn.
Uns científics cerquen un guariment per l'Alzheimer en un complexe submarí abandonat. El que aconsegueixen és estimular neuronalment el cervell d'un tauró, tornant-lo intel·ligent.
Una varietat d'aranyes verinoses queden contaminades per un producte químic, que les fa créixer fins unes proporcions descomunals.