Bob Parr telah meninggalkan hari-harinya sebagai pahlawan super untuk bekerja sebagai penilai asuransi dan membesarkan ketiga anaknya bersama mantan istrinya yang heroik di pinggiran kota. Namun, saat ia menerima tugas misterius, tibalah saatnya untuk kembali mengenakan kostum.
Hellboy, pacarnya yang pirokinetik, Liz, dan empati akuatik, Abe Sapien, menghadapi pertempuran terbesar mereka saat seorang pangeran peri dunia bawah berencana untuk merebut kembali Bumi demi kerabatnya yang ajaib. Bosan hidup dalam bayang-bayang manusia, Pangeran Nuada mencoba membangkitkan kekuatan kuno mesin pembunuh, Golden Army yang sangat kuat, untuk membersihkan jalan bagi makhluk-makhluk fantasi agar bebas berkeliaran. Hanya Hellboy yang dapat menghentikan pangeran kegelapan dan mencegah pemusnahan umat manusia.
Selama perjalanan luar angkasa, empat ilmuwan berubah karena sinar kosmik: Reed Richards memperoleh kemampuan untuk meregangkan tubuhnya; Sue Storm dapat menjadi tidak terlihat; Johnny Storm mengendalikan api; dan Ben Grimm berubah menjadi makhluk super kuat. Bersama-sama, "Fantastic Four" ini sekarang harus menggagalkan rencana jahat Dr. Doom dan menyelamatkan dunia dari kehancuran.