In een nieuwe wereld leven mensen en titanen samen. Maar er is een geheime factie die wil dat de titanen oorlog met elkaar voeren, een strijd die al het leven op aarde zou kunnen bedreigen. Ondertussen trekt een vreemde seismische activiteit op Skull Island de aandacht van zowel Godzilla als Kong. Een oorlog lijkt onafwendbaar.

'Alita: Battle Angel' draait om de lotgevallen van een schijnbaar afgeschreven vrouwelijke cyborg die gered wordt door een dokter en een tweede leven krijgt. Van haar eerste herinnert ze zich niets, hoewel haar aanzienlijke vaardigheden in de martial arts een dodelijk beroep suggereren.