胡桃(阿部菜々実)、由紀(長月翠)、悠里(間島和奏)は、学校で共同生活を送っていた。しかし、この学校の教室の机や椅子は無残に倒され、床には割れたガラスの破片が散乱しており、さらに彼女たちは痛みを感じない“かれら”の脅威から身を守りながら暮らしていた。ある日、胡桃と悠里が美紀(清原梨央)を発見する。

大晦日の夜に行われたパーティで、トロイとガブリエラはデュエットする事になってしまう。初めて一緒に気持ちよく歌えた二人だったが何とか顔写真を交換したもののガブリエラは姿を消してしまった。そんな二人に運命の再会が待っていた。年明けにトロイの通うイースト高校に、転校生としてガブリエラがやってきたのだ。二人を強く引き付けたのはやはり音楽。しかし人気者のトロイを狙っている強烈なライバル、演劇部の部長で目立ちたがり屋のシャーペイ・エヴァンスがいた。トロイとガブリエラがミュージカルの応募掲示板の前にいるのを見つけたシャーペイは、二人がミュージカルに出るつもりではないかと疑っていた。

空手の達人ミヤギは、戦友の孫娘のジュリーに出会う。両親を亡くし心を閉ざす彼女は、高校でも嫌がらせを受けていた。そんな彼女にミヤギは空手を教えることに。