ある日、若く優秀な脳外科医クックロウィッツ博士は、裕福な未亡人ビネーブル夫人の邸宅に招待され、ある脳手術を依頼される。患者は、夫人の息子セバスチャンの死を機に発病し、精神病院に入院中の姪キャザリン。夫人は、病院への寄付をちらつかせ、強引に手術を迫る。しかし、キャザリンを診た博士は、彼女に手術が必要とは思えなかった。夫人は、セバスチャンの死に関して、重大な謎を握っているキャザリンの記憶が蘇ることを恐れていたのだった・・・。

空中都市ザレムが全てを支配する世界。地に残されたわずかな人類はザレム直下に吐きだれるゴミ溜めの周囲に寄り添い、なんとか生き延びていた。サイバネ医師であり賞金稼ぎでもあるイド・ダイスケはスクラップの中から少女の頭部を見つけ再生させる。少女は記憶を失っていたものの失われた古武術・機甲術をその身に宿していた。自身のルーツ、生きる意味…人生の問いを追い求め、少女は賞金稼ぎとなり、戦いの日々を送るが…！?

クラスメートの藤宮香織にひそかに思いを寄せる、高校2年生の長谷祐樹。彼女との距離を縮めようと友達になってほしいと声を掛けるが、香織はどんなに仲良くなってもその相手を毎週月曜日には忘れてしまうという記憶障害を抱えていた。それでも彼女の記憶がリセットされる1週間ごとに声を掛け、交換日記もスタートさせる祐樹。ところがある日、香織の過去を知っている生徒が転校してくる。