Após ser perseguido pelas ruas, o jovem Bastian, uma criança solitária que adora livros e tem problemas com outras crianças, refugia-se no alfarrabista Koreander. A sua inteligência e gosto pela leitura conquistam o livreiro, mas não o suficiente para que ele lhe permita ler um livro chamado "A História Interminável". Vencido pela curiosidade, Bastian leva-o para casa mesmo assim e mergulha nas aventuras de Atreyu, guerreiro que tem de percorrer o reino encantado de Fantasia para devolver a saúde à Imperatriz-Menina e impedir que uma força imparável, o Nada, destrua tudo o que existe. Mas à medida que imerge na leitura, realidade e a ficção tornam-se uma só e as atitudes de Bastian começam a ter peso no desenrolar das aventuras de Atreyu.

Yukimura Chizuru é uma garota que procura o seu pai na cidade de Edo, na sua jornada é perseguida por ronins e acaba sendo salva pelos temidos cães de Mibu, chamados de Shinsengumi. Eles são os responsáveis por proteger as pessoas de Edo, e são as forças armadas de samurais do Tokugawa Bakufu. Chizuru começa a cooperar com os Shinsengumi. Em uma das missões dos Shinsengumi, eles descobrem que existem Onis, que são seres muito poderosos e que têm um objetivo misterioso. Comandados por Kondou e Isami, e tendo como vice-comandante Hijikata Toshizou, os Shinsengumi enfrentam várias batalhas em prol de descobrir o segredo da Água da Vida e dos Onis.

Após séculos sem interferirem substancialmente no curso de vida dos humanos, os deuses estão a cair em descrédito e cada vez menos gregos acreditam neles. Todavia, tudo muda quando o vingativo rei Hyperion decide revoltar-se e vingar a morte do seu filho com a libertação dos Titãs, arqui-inimigos dos deuses olímpicos que repousam há milénios aprisionados sob o Monte Tártaro. Agora, os deuses precisam da ajuda dos humanos, e Teseu, um valoroso semideus, filho adulterino de Zeus com uma humana, é a pessoa certa para organizar a luta.