Suzume is een meisje van 17 dat haar moeder heeft verloren toen ze klein was. Onderweg naar school ontmoet ze een mysterieuze jongeman die ze nieuwsgierig volgt. Dit heeft echter verstrekkende gevolgen en de gehele bevolking van Japan is in gevaar. Vastberaden om dit weer recht te zetten, begint Suzume aan een reis.

Wanneer er een tankwagen midden in een stad wordt opgeblazen, komt er een dodelijk virus vrij. De Bebop-crew gaat onmiddellijk achter de dader aan als ze horen dat er een grote beloning wordt uitgeloofd. De zaak wordt almaar vreemder als blijkt dat de koelbloedige Vincent Volaju - waarvan aangenomen werd dat hij al tientallen jaren dood was - de hoofdverdachte van de aanslag is...

Iedere persoon heeft zijn of haar eigen kleine wereld. Onder de 34 leerlingen van klas 2-1, zijn er veel van dergelijke werelden. Honjou Akio wereld - mijn wereld - is gevuld met passioneel praten over de gisteravond uitgezonden anime met Yoshida, Watanabe, en andere vrienden. Het is een leuke, comfortabele plek ... Maar, ik vraag me altijd iets af. Wat is er gaande in de wereld van Makina Juri, altijd glimlachen en omgeven door prachtige vrienden aan de andere kant van de klas. Op een dag, treed ik haar wereld binnen. Maar het is niet zo eenvoudig als het klinkt.

Een oude voorspelling komt uit als de Pokémon Articuno, Zapdos en Moltres na eeuwen van harmonie worden verstoord. De natuurelementen raken uit hun evenwicht en het leven op aarde hangt af van de onwaarschijnlijke samenwerking tussen de mythische Pokémon Lugia en een mysterieuze 'uitverkorene' waarvan in de legende sprake is.

Tijdens een middagje vissen ontdekken Fly, Stella en Chuck het mysterieuze laboratorium van de zonderlinge professor Makreel. De professor heeft een toverdrank uitgevonden, waardoor mensen onder water kunnen leven. Fly´s zusje Stella drinkt per ongeluk van het drankje, verandert in een zeester en verdwijnt in de golven. De twee jongens nemen ieder ook een slok en gaan achter Stella aan; Fly als vis en Chuck als kwal. Als ze het tegengif niet binnen 48 uur vinden, zullen ze voor altijd een vis blijven. Het tegengif is in handen gevallen van de kwade vis Joe, die belust is op meer macht. Het tegengif maakt vissen namelijk intelligent. Joe´s nieuw verworven gave stelt hem in staat om heer en meester van de onderwaterwereld te worden. Met hulp van Haai, zijn bodyguard, onderwerpt hij heel het vissenvolk aan zijn bewind. Stella´s nieuwe vriendje, het zeepaardje Sasha, sluit zich bij het drietal aan.

In een alternatief verloop van het verleden is Japan verdeeld in een zuidelijk en een noordelijk deel door de oorlog tussen de Union en de Verenigde Staten. De Union heeft op Hokkaido een enorme toren gebouwd, waarvan het doel een mysterie lijkt. Drie kinderen, die de zomer doorbrengen op het rustige Japanse platteland en dagdromen over de verlaten straaljager die ze in de buurt hebben gevonden, raken gefascineerd door de geheimzinnige toren die ze in de verte zien.

Detective Charlie Chan is ingehuurd om de intenties van de nieuwe vriendin van miljonair Yeung Siu Yau te onderzoeken. Tijdens het onderzoek komt hij in contact met Cecilia, politieagent en dochter van de miljonair. Al gauw vindt Charlie zich terug in een avontuur, waarbij Cecilia regelmatig een welkome ondersteuning blijkt te zijn.

Misty, Brock, Ash en Pikachu moeten samen met hun nieuwe vriendje Celebi strijden tegen een gevaarlijke Pokémon jager. Als Celebi gevangen wordt, doen zijn vriendjes alles om hem te bevrijden en het bos te redden. Zelfs de hulp van Ash, de beste Pokémon meester aller tijden, wordt ingeroepen.

Makoto Nakazono is een middelbare schoolstudent met een donker geheim. Sinds hij klein was, heeft hij de mysterieuze kracht gehad om "zwarte entiteiten" te zien die zielen stelen. Op een dag wordt hij plotseling ondervraagd door een van de "zwarte entiteiten", Akira Seno die hem vraagt: 'Ga je ons in de weg staan?' Maar Makoto antwoordt: 'Er is niets dat ik toch kan doen, dus ik zal je niet in de weg staan.' Op dat moment merkt Makoto niet de dreigende schaduw die zijn jeugdvriend Hazuki nadert ...

Seigaku reist naar Engeland om een ​​toernooi te spelen dat Japan vertegenwoordigt, maar ze worden aangevallen door een groep straat tennisspelers die vanwege hun ruige spel geen officiële toernooien mogen spelen.

Mensen doorlopen hun dagelijkse leven samen met hun Pokémon door de stad terwijl ze allemaal proberen thuis te komen om zich te herenigen met hun familie voor het nieuwe jaar.