1994, New York. Léon is huurmoordenaar van beroep. Hij observeert het komen en gaan van de inwoners van een gebouw. Op dezelfde verdieping van Léon woont er een gezin waarvan de vader drugshandelaar is.
De computerhacker Neo komt er achter dat het leven op aarde niets meer is dan een computersimulatie, opgezet door machines om de mensheid in bedwang te houden. Hij wordt door enkele vrijheidsstrijders uit deze "Matrix" gehaald.
De huurmoordenaar 'The Bride' wordt op haar eigen bruiloft neergeschoten door haar opdrachtgever Bill en zijn handlangers. Ze overleeft de aanslag, maar door een kogel in haar hoofd ligt ze vier jaar in coma.
Koning Qin wil heel China in zijn macht hebben, om zo de eerste keizer te worden. Al een tijdje willen huurmoordenaars hem vermoorden. Er zijn drie moordenaars, genaamd Broken Sword, Flying Snow en Sky, waar de koning vooral voor vreest.
Drie wetenschappers verliezen hun baan bij de universiteit van New York, waar ze het occulte bestudeerden. Ze besluiten om zich voortaan te verhuren als Ghostbusters, en zich bezig te gaan houden met het vangen van allerlei soorten spoken en geesten.
Li, een groot strijder, wil de rest van z'n leven in rust doorbrengen. Hij besluit zijn beroemde, krachtige zwaard aan een oude vriend te geven. Deze wordt echter gestolen en Li moet samen met de krijgster Yu achter het zwaard aan.
Na door een genetisch gemanipuleerde spin gebeten te zijn, maakt het lichaam van de nerd Peter Parker radicale wijzigingen door. Hij kan tegen muren oplopen, web-vloeistof uit zijn polsen spuiten, en hij ontwikkelt een spinnen-zintuig. Hij neemt de naam "Spider-Man" aan, en besluit zijn nieuwe krachten te gebruiken om de slechte Green Goblin te bestrijden. Ondertussen probeert hij de aandacht te trekken van zijn mooie klasgenote Mary Jane Watson.
Nieuwe avonturen van Peter Parker, sympathieke student, part-time fotograaf en superheld. Nadat hij in de vorige film geslaagd is voor zijn high-school diploma besluit Peter colleges te volgen aan de New Yorkse Empire State Universiteit. Terwijl hij met diverse persoonlijke problemen zit wordt hij geconfronteerd met de briljante Dr. Otto Octavius, die door een wetenschappelijk ongeluk met enkele mechanische tentakels in de slechte Doctor Octopus is veranderd.
Cole is vervloekt om tot de eeuwigheid een geest te zijn. Hij is niet meer zichzelf, en besluit op een dag te zoeken naar wie hij nou echt is.
Agenten Kay en Jay zijn lid van een top-secret organisatie die in het leven is geroepen om de buitenaardse wezens op aarde in de gaten te houden. Als een buitenaardse terrorist dreigt enkele zonnestelsels te vernietigen, moeten ze in actie komen.
De machines hebben de locatie van Zion, de laatste menselijke stad, gevonden. De enige hoop voor de rebellen is The Keymaker, een man met toegang tot alle deuren naar de machinewereld. Hij wordt echter bewaakt door The Twins, een gedreadlocked duo dat kan verdwijnen en verschijnen als geesten. Agent Smith kan zich inmiddels als een virus in The Matrix vermenigvuldigen, wat de zoektocht voor Neo, Trinity en Morpheus bemoeilijkt.
Bree is een conservatieve transseksueel. Ze werkt hard en spaart elke cent om de laatste operatie te kunnen betalen, die van haar eindelijk een echte vrouw zal maken. Dan krijgt ze een telefoontje van een zekere Toby, die haar zoon blijkt te zijn, veroorzaakt door een onhandig avontuurtje. Toby blijkt ook nog eens in de gevangenis te zitten in New York. Bree gaat op aanraden van haar therapeute dan toch maar naar New York om haar zoon op te halen. Deze heeft geen enkel idee hoe de vork in de steel zit en Bree besluit dat voorlopig maar zo te houden.
Een paardrijdend tienermeisje wordt geschept door een truck. Om zowel de gewonde dochter als het gewonde paard te genezen, neemt haar moeder haar mee naar Montana om daar met behulp van een "paardenfluisteraar" het paard te laten genezen. De moeder wordt verliefd op hem.
Terwijl het een kwestie van uren is voor de machines Zion binnen zullen dringen moeten Trinity en Morpheus op zoek naar Neo, die gevangen zit in een wereld tussen de Matrix en de echte wereld. Wanneer het gevecht tussen de machines en de bewoners van Zion begint probeert Neo definitief af te rekenen met Agent Smith.
Er is vier jaar verstreken sinds de agenten een grote ramp hebben weten te voorkomen, en Kay is sindsdien begonnen aan een simpel burger-leven. Jay, die nog steeds voor de overheidsinstelling Men In Black werkt, ontdekt dat het Kylothiaanse monster Serleena, vermomd als lingerie-model, een kwaadaardig plan heeft gesmeed. In een race tegen de klok moet Jay zorgen dat Kay weer terug keert naar zijn oude baan, ondanks dat hij zich hier niets van herinnert, om zo samen de vernietiging van de Aarde te voorkomen.
Voormalig geheim agent Jonathan Cold werkt tegenwoordig voor eigen rekening als koerier van strikt geheime informatie. Op een dag krijgt hij van één van zijn contacten de opdracht een pakketje van Frankrijk naar Duitsland te vervoeren. De inhoud van de zending wordt hem niet meegedeeld, maar al snel wordt duidelijk dat er heel wat mensen bereid zijn tot het uiterste te gaan om te voorkomen dat het pakje zijn bestemming bereikt.