世界最高の凄腕スパイ・ランス（ウィル・スミス）は、活動を陰で支えている若き天才科学者ウォルター（トム・ホランド）が開発するガジェットを使って任務に当たっていた。しかし、ウォルターが新開発した装置のテスト中に誤動作が発生し、ランスは小さな鳩に変身してしまう。人間に戻ることが出来なくなってしまったランスは、鳩の姿のまま世界を震撼させる悪党キリアンに立ち向かうことになるのだが・・・。

1968年1月、北朝鮮特殊工作部隊による韓国大統領府襲撃未遂事件が発生。同年4月、韓国政府はその報復として仁川沖のシルミド (実尾島)に死刑囚ら31人の男たちを集め、極秘に金日成暗殺指令を下した。こうして31人は、当時の暦から名付けられた684部隊の特殊工作員として、過酷な訓練を開始する。3年後、優秀な工作員に仕立て上げられた彼らに、いよいよ実行命令が下される。しかし、政府の対北政策は決行目前になって大きく転換、北への潜入に向け行動を開始した部隊に急遽命令の撤回が告げられる。