ニューヨークの5番街。朝の買い物客で賑わうデパートが突然爆破された。サイモンと名乗る爆弾テロリストが爆破場所を地下鉄、小学校と次々に指定し、ニューヨーク市民を巻き込んだ爆破計画を敢行する。その予告爆破を阻止すべく、またまた“あの男”が立ちあがった！

ある秘密特殊部隊が任務の終了後、組織の裏切りにより、移動中の飛行機ごと始末される。重傷を負い、記憶を失いながらも原住民に助けられ、“フーアムアイ”の名で部落に迎えられた工作員の一人は、自らの記憶を取り戻すため部落を離れ一人旅立つ。しかし、彼の生存を知った組織は、口封じのため刺客を送りこむ。

ロサンゼルスのオフィスビルにあるエレベーターに爆弾が仕掛けられ、乗客達が閉じ込められる事件が発生。ロサンゼルス市警察SWAT隊員であるジャック・トラヴェンはマクマホン分隊長や同僚のハリー達と共に爆弾を排除、乗客達を救出。さらに身代金を要求してきた犯人のハワード・ペインを追い詰めるがもう一息のところで逃げられる。 ペインは元アトランタ警察爆発物処理班員で、処理中の爆発事故により左手親指を失う障害を負って退職せざるを得なくなったが「命がけで何十年も働いてきたのに、警察当局は退職記念の金時計と障害年金を寄越しただけで、他に何も補償してくれない」と逆恨み、警察に挑戦を始めた。 逃げおおせたペインは路線バスに爆弾を仕掛け、ジャックに対応させるよう仕向ける。信管は速度測定系に連動、バスの速度が一度でも時速50マイル（約80Km）を越えると安全装置が解除され、更に、速度がこれを下回ると爆発する。爆破を阻止するために標的となったバスを止めて飛び乗ったジャックだったが、不法滞在している自分を追ってきたと思い込んだ乗客の一人が誤って発砲し、運転手(サム)が負傷。スピード違反で免停中のためバス通勤していた若い女性、アニーがハンドルを任された。

ジョン・マックレーン刑事は、ロスに住む妻ホリーと一緒にクリスマス休暇を過ごすため、吹雪の中ワシントンのダレス国際空港に迎えに来ていた。テレビではラテン・アメリカの麻薬王エスペランザ将軍の到着を報じており、反共主義者の元陸軍大佐スチュワートの姿を空港内で見かけていたマックレーンは大佐の部下らしき軍人たちがうろついているのに不審を覚え、後をつける。

1980年、ハワイ沖を航行する原子力攻撃空母ニミッツは突如、奇妙な竜巻の襲来を受けたために真珠湾へ引き返そうとするが、そのまま呑み込まれてしまう。嵐は収まったものの、随伴していた駆逐艦が行方不明で無線にどこからも応答がないなどの異常な事態を認識した艦長は、両舷に緊急警戒態勢を発令すると共に、真珠湾への偵察機を発進させる。ニミッツに近づく飛行機をレーダーによって発見し、調査のためにF-14トムキャットを発進させるが、その飛行機はなんと零戦であった。

退役を迎え、ハワイからアメリカ本土に最後の航海に出たアメリカ海軍戦艦「ミズーリ」。艦長のサプライズ誕生日パーティーと偽りヘリが着艦。しかしそのヘリには元CIAエージェント、ストラニクス率いるテロリスト一味が乗っていたのだ。副艦長・クリル中佐も仲間の一味で彼らを手引きしていた。クリル中佐は艦長を殺害、テロリストどもは他の乗員を船倉に監禁してしまう。彼らの目的は、艦に搭載されている核弾頭搭載トマホーク巡航ミサイルのブラックマーケットへの転売だった。 ただひとり難を逃れたのは、冷蔵庫に監禁されていたコック長のライバック兵曹のみ。しかし彼の正体は、元海軍特殊部隊「SEAL」の対テロ部隊の指揮官だった。彼は、ある作戦で部下が多数死傷し、当時の情報将校を殴打し降格処分になってしまった。それをアダムス艦長が不憫に思い、彼を自分の手元に置いてコック長という任務に就かせていたのである。 救出した同僚やケーキの中にいた女性ダンサーのジョーダン・テイトと共に、ライバックの反撃が始まる。

秘密諜報員たちの個人情報漏えいにより、それまで辛酸をなめていたマックスウェル・スマートに、ついに表舞台でテロリスト集団と対決するチャンスが到来する。

11人の死亡が確認された悲惨な飛行機事故で９歳になる一人息子サムを亡くした母親テリー。それから14ヵ月たったいまでもテリーは立ち直れずに、サムの思い出に浸るだけの毎日を送っていた。そんなある日、テリーは夫と息子と３人で撮った記念写真からサムだけが消えているのを見つけ困惑する。異変はさらに続き、大切なアルバムからも、そしてビデオテープからもサムが消えてしまっていた。動揺するテリーに精神科医は、“息子など最初から存在しなかった”と告げるのだった。ショックを受けるテリーは、サムの存在を証明しようと躍起になるのだったが…。