アンディがおもちゃで遊んでいたのも今は昔。アンディは大学に入学する年齢になり、カウボーイ人形のウッディたちおもちゃは託児施設に寄付されることになった。しかし、そこに待っていたのは乱暴な子どもたち。ウッディは脱出に成功するものの、アンディの元へ行くか、仲間たちを助けに戻るかの究極の選択を迫られる。

ニューオーリンズのフレンチ・クオーターに住む少女ティアナは、ある夜人語を話すカエルに出会った。カエルは、自分が魔法をかけられてしまった王子のナヴィーンだと名乗り、人間に戻るために彼女にキスしてくれるように頼んだ。ティアナは躊躇の後キスしたが、ナヴィーンの姿は戻らず、ティアナの姿までカエルに変えられてしまう。