Mima Kirigoe is een zangeres die stopt met zingen om te gaan acteren, een beslissing waar haar fans niet blij mee zijn. Geplaagd door twijfel en gekweld door vernederende compromissen, wordt zij gestalked, zelfs in haar dromen, door een alter ego die beweert "de echte Mima" te zijn.
In Fujisawa zit Sakuta Azusagawa in zijn tweede jaar van de middelbare school. Zalige dagen met zijn vriendin en upperclassman, Mai Sakurajima, worden onderbroken door de verschijning van zijn eerste verliefdheid, Shoko Makinohara.
Het verhaal gaat over Sheeta, een meisje met een mysterieuze steen. Ze wordt achterna gezeten door piraten en het leger. Met behulp van de steen kan men namelijk Laputa vinden. Laputa is een legendarische stad die in de lucht zou zweven.
Alles speelt zich af in 2029. Het Ministerie van Buitenlandse Zaken heeft de ideale topagent, de 'Puppet Master' gemaakt. Deze is niet menselijk, heeft geen lichaam en kan zichzelf verplaatsen via de elektronische snelweg, het net.
Jim en Hilda, een ouder echtpaar op het Britse platteland, krijgen op een dag een brochure van de overheid, waarin gewaarschuwd wordt voor de gevolgen van een Derde Wereldoorlog. Jim en Hilda hebben echter een nogal geromantiseerd beeld van de Tweede Wereldoorlog.
Het avontuur begint met het verschijnen van Mewtwo, een genetisch gemanipuleerde Pokémon, gecreëerd uit het DNA van Mew, de zeldzaamste van alle Pokémon. Mewtwo is vastbesloten om zijn superioriteit te bewijzen en verleidt Ash, Pikachu en de anderen in een strijd, zoals er nog nooit is geweest: Mewtwo tegen Mew, superkloon tegen Pokémon. Het gaat hier om de ultieme confrontatie met de toekomst van de wereld als inzet.
De jonge uitvinder Ray Steam ontvangt een mysterieuze metalen bol. Het kan genoeg energie opslaan om een hele natie van energie te voorzien. Hij moet het echter gebruiken om Londen van de ondergang te redden.
Na het accepteren van een uitnodiging van een mysterieuze trainer, ontmoeten Ash, Misty en Brock MEWTWO, een kunstmatig gecreëerde Pokémon die wil vechten.
Wanneer een gepeste klasgenote zelfmoord pleegt, door toedoen van Terkel, ontvangt hij constant dreigberichten. Als hij dan toch, met veel tegenzin, ook nog met een schoolexcursie mee gaat, moet hij werkelijk vrezen voor zijn leven.
In de verre technologische toekomst heeft de beschaving zijn ultieme op het internet gebaseerde vorm bereikt. Een "infectie" in het verleden zorgde ervoor dat de geautomatiseerde systemen ontregeld werden, wat resulteerde in een gelaagde stadsstructuur die zich oneindig in alle richtingen repliceert.
Het verhaal begint wanneer een middelbare scholier die muziekvideo's maakt een leraar ontmoet die de muziek heeft opgegeven. Asaya Kanata, maker van amateurmuziekvideo's, ziet leraar en muzikant Yū Orie op straat lopen en besluit een videoclip van haar muziek te maken.