1950年。第二次世界大戦の終結による満州国の崩壊と国共内戦の終結により、共産主義国である中華人民共和国の一都市となったハルビン駅の構内。5年間にわたるソビエト連邦での抑留を解かれ、中華人民共和国に送還された「戦犯」達がごった返す中で、列から外れた1人の男が洗面所で自殺を試みる。男は監視人の手により一命を取り留めるものの、薄れ行く意識の中で幼い日々の頃を思い出していた。この男こそ清朝最後の皇帝にして満州国の皇帝、「ラスト・エンペラー」と呼ばれた愛新覚羅溥儀その人であった。

シャカ国の王子という恵まれた身分を捨て、片目のデーパ、未来を見渡す力を持った少年アッサジと旅を続けるシッダールタ。苦行林へとたどり着いたシッダールタは、そこで遭遇した飢えたオオカミ一家のために自らの肉体を差し出して死んでいくアッサジの壮絶な姿を目の当たりにする。それを機に過酷を極めた苦行に打ち込むシッダールタは、もうろうとした意識のもとで自然や魂の大いなるつながりに気付いていく。そんな中、ルリ王子が率いるコーサラ国の侵攻を受けてシャカ国が壊滅してしまったのを知る。

1375年、高麗は新たに建国された明と友好関係を結ぶために使節団を派遣する。だが、使節団はスパイと疑われ、砂漠へ流刑されることになってしまう。しかし、移送の途中で明により北方に追われていた元軍の襲撃を受け、明の兵士が全滅、使節団も正使を含む数名を失った。元軍は「高麗については関知しない」と、使節団を置き去りにする。自由の身となった使節団は高麗に戻ろうと逃避行をはじめる。その途中で再び元軍と遭遇し一行は、自らの無実を明に証明するため、元軍に捕らえられていた明のブヨン姫を助け出すことになる……。