Seele ordena un atac total a NERV, amb l'objectiu de destruir els Evangelions abans que en Gendo pugui activar el Tercer Impacte i la Instrumentalitat sota el seu control.

La Misato i el seu grup anti-NERV arriben a París. La tripulació de la nau Wunder aterra en una torre de contenció amb només 720 segons per restablir la ciutat. Quan apareix una horda d'Evas de Nerv, l'Evangelion Unitat 08 els ha d'interceptar. Mentrestant, en Shinji, la Asuka i la Rei ronden pel Japó.

Corea, 1930, durant l'ocupació japonesa. Nam Sookee, una jove carterista que conviu amb una banda de traficants de nadons, és contractada per un estafador perquè l'ajudi a apropiar-se de l'herència d'una rica però innocent òrfena que viu reclosa a una mansió pel seu oncle, un bibliòfil d'inclinacions lascives. Ell es farà passar per un comte japonès i ella farà de donzella personal per guanyar-se la confiança de la noia i facilitar la seducció del fals comte. Alhora, el pervertit oncle també té el seu propi pla per quedar-se amb la fortuna de la neboda.

Andrew Wyke és un prestigiós escriptor de novel·les d?intriga. A més, la seva passió pels jocs d'enginy i les endevinalles l'ha portat a convertir la seva gran mansió en una mena de museu, on s'exposen les joguines i els mecanismes més extravagants. Una tarda, convida a casa seva Milo Tindle, amant de la seva dona i propietari d'una cadena de salons de bellesa, per proposar-li un enginyós pla del qual tots dos podrien sortir beneficiats.

Consisteix en dues seccions: Death, que és una recapitulació de la sèrie de manera desordenada que gira entorn d'un concert de cordes amb en Shinji, l'Asuka, en Kaworu i la Rei on es van mostrant escenes de la sèrie relatives a cada personatge, i Rebirth, una animació totalment nova que substitueix els capítols 25 i 26 i que conforma la primera part del nou final de la sèrie.