近未来の日本。ドッグ病が大流行するメガ崎市では、人間への感染を恐れた小林市長が、すべての犬を“犬ヶ島”に追放する。ある時、12歳の少年がたった一人で小型飛行機に乗り込み、その島に向かった。愛犬で親友のスポッツを救うためにやって来た、市長の養子で孤児のアタリだ。島で出会った勇敢で心優しい5匹の犬たちを新たな相棒とし、スポッツの探索を始めたアタリは、メガ崎の未来を左右する大人たちの陰謀へと近づいていく─。

イギリスに住む９歳の少年ジェームズは両親をサイに襲われて亡くし、意地悪なふたりの叔母に引き取られていた。そんな彼の夢は、夢が叶う場所、ニューヨークへ行くこと。ある日、彼は見知らぬ老人から緑色に輝く不思議なものが入った袋をもらい、誤ってそれを桃の木の根元にこぼしてしまう。すると、みるみるうちに巨大な桃が育ち、それを一口かじったジェームズは桃の中へ。中には６匹の虫たちが待っていた。彼らと仲良くなったジェームズは、大きな桃に乗って、一路ニューヨークへと旅立つ。しかし彼らの行く手には思いがけないトラブルが待ち受けていた。

海の底に広がる大都会「リーフシティ」。そこに住むオスカーは大金持ちになりリーフシティのトップになるのが夢。ある日オスカーは、借金返済のための金を待ち合わせ場所の競馬場で誘惑に負けて賭けてしまった。運の悪いことに賭けに負けて、アーニー&バーニーによって深海にさらわれてしまった。ちょうど近くにきていたレニーとフランキーがオスカーを狙うが、運悪くフランキーがイカリに潰されて死んでしまう。アーニー&バーニーはオスカーがフランキーを殺したとカン違い。それをいい事に、オスカーは一躍大金持ちのヒーローになってしまう。