In het 17e-eeuwse Japan is er een periode van vrede aangebroken. Veel clans raken daardoor ontbonden; samurai raken werkloos. Enkelen van hen dreigen met harakiri, ofwel rituele zelfmoord, in de hoop op een aalmoes.

Na de vorige Godzilla-aanval ontstaat er een mini-wapenwedloop om zijn cellen te verzamelen. Bezorgd over de mogelijke terugkeer van Godzilla, gebruikt de Japanse regering de cellen om een nieuw biowapen te maken, ANEB (Anti-Nuclear Energy Bacteria). Ze roepen de hulp in van geneticus Genshiro Shiragami, wiens experimenten resulteren in een nieuwe mutatie.

Terry McGinnis, de nieuwe Batman, komt oog in oog te staan met The Joker, de vijand van de oude Batman. Het probleem is dat de Joker eigenlijk al dood is, dus wie is deze Joker echt? Terry moet het op nemen tegen één van de gevaarlijkste vijanden van de oude Batman en ontdekt de geheimen van de laatste nacht dat Batman en de Joker tegen elkaar hebben gevochten.

Als Zatôichi, een rondreizende masseur en groot samoerai, een door criminelen gerund dorpje binnentrekt, weerhoudt het feit dat hij blind is hem er niet van het aan de stok te krijgen met de lokale bende.

De koele, meedogenloze Todoroki, baas van de Sukiyakai gang, vertelt Hiura dat hij hem adopteert als zoon. Reiji wordt de tweede bevelhebber van Hiura's nieuwe sub-bende. Dat lijkt reden voor feest, maar de Dragon Skulls bedreigen het grondgebied van Todoroki.

Een jaar na de gebeurtenissen uit het eerste deel keert Zatoichi terug naar het dorp Iioka om in de tempel te bidden voor de ronin Hirate Miki, die hij heeft vermoord. Maar de handlangers van een hooggeplaatste heer, die Zatoichi eerder had gemasseerd en zijn mentale handicap had ontdekt, zitten hem op de hielen. Om deze gênante onthulling te verdoezelen, huren de samurai Yakuza-baas Kanbei in om Zatoichi voor altijd het zwijgen op te leggen. Tot overmaat van ramp is Zatoichi's eigen broer Yoshiro ook in het dorp, op zoek naar Ichi. Zatoichi heeft ooit zijn eigen broer kreupel gemaakt in een geschil over een vrouw.

Het stadje Shimokage wordt voor de bouw van een dam gesloopt. Voor de laatste keer houden de inwoners hun mysterieuze ritueel, maar dat gaat niet goed. Kort daarna krijgt Masafumi Kobayashi, een tv journalist met een fascinatie voor het paranormale, een brief van een vrouw die rare geluiden hoort uit het huis van de buren. Hierbij maakt hij kennis met de laatste vrouw die deel heeft genomen aan het ritueel dat plaatsvond in Shimokage.

Tony Stark heeft vijf kinderen van de originele Avengers opgevoed. Hun zorgeloze leventje wordt verstoord als een beschadigde Vision op het eiland neerkomt. Wanneer hij deze probeert te redden, activeert Tony per ongeluk een groep van 'Iron Avengers', die er voor zorgt dat Tony zijn basis wordt ontdekt. Tony wordt gekidnapt, maar de kinderen weten allen te ontsnappen. Zij besluiten om Tony te gaan redden.

Een blinde masseur en zwaardvechter Zatôichi keert terug naar zijn dorp om rust te vinden. Zijn meester wil zijn hulp bij het regelen van het huwelijk van diens dochter, op wie Zatôichi zelf verliefd is.

Dr. Drakken heeft een nieuw plan om de wereld te onderwerpen, maar hiervoor moet hij eerst het zwakke punt van Kim Possible zien te vinden. Hij bedenkt dat het misschien via de liefde lukt. Hij probeert daarom aan te pappen met Eric, een nieuwe jongen op school, die het hart van Kim voor zich wint. Ron vindt dit niet leuk en gaat in de tegenaanval.

In de jaren 50 vinden er een aantal gebeurtenissen plaats die uiteindelijk leiden tot de begin van de Justice League. De Martian Manhunter komt aan op Aarde. Hal Jordan, een piloot, vindt een ring met speciale krachten waardoor hij de Green Lantern wordt.

Leona Stevenson is ziek en bedlegerig. Op een nacht, terwijl ze op haar man wacht, neemt ze de hoorn op en hoort toevallig een gesprek tussen twee mannen die een moordplan beramen. Ze wordt hopeloos, als ze probeert uit te zoeken wie het slachtoffer is zodat ze de moord kan voorkomen.

Een vernielzuchtige slechterik, die zichzelf voordoet als Batwoman, zaait dood en verderf in Gotham City. Als blijkt dat de slechterik werkt in opdracht van The Penguin, gaat de echte Batwoman achter hem aan. Helaas wordt ze in de val gelokt en gekidnapt door Penguins rechterhand Bane, en de enige die haar nu nog van een gewisse dood kan redden is Batman.

Eén jaar na het eerste mysterie keren de vreemde GSM-oproepen terug. Kyoko, een lerares, en haar vriend Noata krijgen tijdens een gezellig avondje uit eten een erg vreemd telefoontje, wat hen aan de gebeurtenissen van één jaar geleden herinnert. Ze schieten in paniek en verzamelen een team deskundigen om zich heen om het naderende onheil alsnog af te wenden.

F.A.K.K. (Federation-Assigned Ketogenic Killzone) vertegenwoordigt een extreem biologisch gevaar. F.A.K.K.² is het zelfde, maar dan erger. Het is ook de naam die gegeven is aan een planeet, om diens geheim verborgen te houden. Deze wereld is de thuis planeet van Julie, die de naam F.A.K.K.² aannneemt als haar paradijselijke wereld wordt bedreigd door buitenstaanders en haar zus wordt ontvoerd.

Wanneer de Batmobile uit een automuseum gestolen wordt, komen Adam West en Burt Ward, de twee acteurs die vroeger de rollen van Batman en Robin speelden, opnieuw in actie. Al gauw komen ze er achter dat de oplossing van de diefstal in hun gezamenlijke Batman-verleden te vinden is.

Een natuurkundige genaamd Tetsuo Okita ontdekt een nieuw mineraal genaamd 'Satanium', dat krachtiger is dan uranium en destructieve effecten uitstraalt op iedereen die eraan wordt blootgesteld. Destron ontvoert Okita echter in de hoop de bron van Satanium te vinden en er meer van te verzamelen om hun zoektocht naar wereldheerschappij te bespoedigen. Kamen Rider V3 moet snel handelen om professor Okita te redden en te voorkomen dat Destron nog meer van het dodelijke mineraal verzamelt.