Gràcies a una revolucionària tecnologia que desbloqueja els records genètics, Callum Lynch viu les aventures del seu ancestre, Aguilar, a l'Espanya del segle XV. Callum descobreix que és el descendent d'una misteriosa societat secreta, els Assassins, i que posseeix coneixements i habilitats increïbles que li permetran enfrontar-se a la poderosa i opressora organització dels Templers en el present.