突如、ワシントンに飛来した円盤。降り立った異星人クラトゥは地球人の未来を懸念し、人類に核兵器の放棄を要求する。そして要求が受け入れられない場合、地球上の全エネルギーを停止させると宣言した……。

仕事を求めて町に流れ着いたネイダは、ホームレスのためのキャンプで寝泊りするようになる。ある日、教会でサングラスを発見したが、それを通して見えたものは、人間になりすまし町を支配している奇怪な侵略者の姿と、至るところに隠され人間を操っていた洗脳標識だった。その恐るべき真実を知ったネイダは侵略者と戦うことになる。

ある夜、プリンストン大学で教諭をする地球外生物学者、ヘレン・ベンソン博士の自宅にアメリカ政府のエージェントが突然やってきた。強制的にある非常事態への協力を求められたヘレンは1年前に他界した夫の連れ子であるジェイコブを隣人に預け、あわただしく公用車に乗り込む。すでに政府は軍を総動員出動させ警戒態勢を敷き、町は異様なまでに静まり返っていた。政府がヘレンのほかに核物理学・天文学・地質学などの権威を招集したのは、木星の外側で観測された謎の物体への対策を講じるためだった。小惑星と思われるその物体は想定外の進路を信じがたい速度で移動し、マンハッタンへと迫っているのだった。