Op een mooie zomerochtend dalen de biologen Claude Nuridsany en Marie Perennou af in de jungle van een grasveld. Ze gaan er op zoek naar de bewoners van een onbekende wereld binnen de wereld, die van de fantastische wezens die tussen het gras en op het water leven.
Hoewel meer dan tweederde van onze planeet bedekt is met water weten we meer over het maanoppervlak dan over de zeebodem. Deep Blue is een reis naar de wereld van de zee.